Vào ngày 30 tháng 1 năm 2020, Bộ Y tế Philippines đã báo cáo trường hợp nhiễm COVID-19 đầu tiên ở nước này là một phụ nữ quốc tịch Trung Quốc 38 tuổi. Ngày 2 tháng 2 năm 2020 chính phủ Philippines ra quyết định áp dụng biện pháp cách ly y tế bệnh nhân COVID-19. Sau hơn một tháng mà không ghi nhận bất kỳ trường hợp nào, Philippines đã xác nhận ca nhiễm đầu tiên vào ngày 7 tháng 3 năm 2020. Kể từ đó, virus đã lây lan đến 81 tỉnh của đất nước. Theo khuyến nghị của Bộ trưởng Y tế, Tổng thống Duterte đã ban hành Tuyên bố 922 vào ngày 8 tháng 3, tuyên bố tình trạng khẩn cấp quốc gia do mối đe dọa của COVID 19. Theo tuyên bố này, tất cả các cơ quan được yêu cầu hỗ trợ đầy đủ trong việc ứng phó với COVID 19. Thư ký của Y tế với tư
cách là người đứng đầu Lực lượng đặc nhiệm liên cơ quan về các bệnh truyền nhiễm mới nổi (IATF-EID) có thể kêu gọi các cơ quan thực thi pháp luật hỗ trợ thực hiện kiểm dịch và các biện pháp khác để giải quyết sự lây lan của dịch bệnh. IATF-EID thông qua Nghị quyết số 16 đã thành lập một nhóm cơng tác kỹ thuật (TWG) bao gồm đại diện từ các cơ quan chính phủ và Lực lượng vũ trang của Philippines.
Vào ngày 13 tháng 3 năm 2020, một cuộc kiểm dịch đã được công bố và ban đầu được giới hạn ở Khu vực Thủ đô Quốc gia (NCR) nhưng vì nhiều trường hợp lây truyền trong cộng đồng được ghi nhận từ các tỉnh lân cận , một cuộc kiểm dịch trên toàn đảo Luzon đã được Tổng thống thực hiện có hiệu lực từ ngày 17 tháng 3 đến tháng 5 năm 2020. Theo quy định mở rộng kiểm dịch, vận chuyển đường bộ, đường biển và đường hàng không bị cấm. Chỉ vận chuyển cho các dịch vụ thiết yếu khi được phép. ECQ miễn cho nhân viên y tế và hàng hóa, các hoạt động vệ sinh và các trường hợp khẩn cấp khỏi các hạn chế về khả năng di chuyển. Mọi người được khuyến cáo nên làm việc tại nhà và sử dụng các phương tiện liên lạc trực tuyến và các giao dịch kinh doanh để tránh tụ tập tại văn phòng. Vào ngày 24 tháng 3, Tổng thống Rodrigo
Duterte đã ký Đạo luật Bayanihan để hàn gắn với tư cách là một đạo luật cho phép ông thêm quyền hạn để xử lý đại dịch. Đạo luật này yêu cầu áp dụng các khuyến nghị của WHO đối với chính sách và quản lý y tế đại dịch của Philippines. Nó trao quyền hạn đặc biệt cho bộ phận điều hành để cung cấp cho các bệnh viện công và tư hỗ trợ thêm như mua sắm thiết bị bổ sung và thu hút nguồn nhân lực tạm thời như bác sĩ và nhân viên bổ sung. Nó cũng chỉ đạo các bệnh viện và cơ sở chăm sóc sức khỏe hoạt động như bệnh viện hoặc cơ sở cách ly COVID 19, cung cấp xét nghiệm nhanh chóng cho bệnh nhân, cung cấp bảo hiểm bồi thường cho nhân viên y tế tuyến đầu. Nó cũng
cung cấp sự cải thiện xã hội hỗ trợ tài chính cho hộ gia đình có thu nhập thấp cũng như thực thi pháp luật về trục lợi và thao túng giá. Từ tháng 3/2020 sau khi Tổng thống Rodrigo Duterte áp đặt lệnh phong tỏa nghiêm ngặt kéo dài nhiều tháng ở thủ đô Manila và các khu vực lân cận. Lần phong tỏa thủ đô Manila gần đây nhất vào tháng 3 đã được nới lỏng vào giữa tháng 5, sau khi số ca mắc Covid-19 giảm từ mức hơn 10.000 ca/ngày.
Bởi vì COVID-19 đã tác động đến tất cả các khía cạnh của cuộc sống ở Philippines và đã khiến nền kinh tế ngưng trệ một cách đáng kể , câu hỏi về việc mở cửa lại nền kinh tế, đặc biệt là ở Khu vực thủ đô quốc gia (NCR) bằng cách dỡ bỏ các hạn chế kiểm dịch cộng đồng ECQ là một mối quan tâm rất quan trọng và cũng là đánh giá rủi ro. Việc mở cửa trở lại quốc gia để kinh doanh có thể gây ra sự gia tăng đột biến về số ca nhiễm mới ước tính từ 10.000 đến 80.000 và số ca tử vong từ 680 đến 3800 vào ngày 31 tháng 5 năm 2020. Điều này cũng làm nổi bật nhu cầu xét nghiệm hàng loạt.
Philippines đã phải vật lộn với dịch COVID-19 trong năm 2020, với các cộng đồng phải đối mặt với tình trạng lây nhiễm gia tăng. Số ca nhiễm đạt đỉnh điểm liên tục và khơng có dấu hiệu dừng lại.
Hơn 300.000 người trong nước đã nhiễm virus từ ngày 30 tháng 1 đến tháng 9 năm 2020, trong khi các quy tắc đơn giản hóa cho phép Bộ Y tế tuyên bố hơn 250.000 bệnh nhân đã khỏi bệnh. Các nhà chức trách cho biết việc cấm cửa nghiêm ngặt, khiến người dân Philippines buộc phải ở nhà và khiến hàng triệu người phải nghỉ việc, đã phần nào làm giảm số ca nhiễm bệnh.