Sử dụng các phần mềm tin-sinh học phân tích sự tương đồng giữa các gene virus và so sánh kết quả với GenBank GENEDOC2.5. Thành phần acid amin được thu nhận bằng cách sử dụng bộ mã của vi sinh vật bậc thấp (vi khuẩn) có trong Ngân hàng gen thơng qua chương trình GENEDOC2.5. Xác định mối quan hệ phả hệ được xây dựng theo phương pháp liên kết cận kề với phần mềm MEGA 4.0.
2.2.6. Xử lý số liệu bằng chƣơng trình tin-sinh học
Sử dụng máy tính Macintosh với các phần mềm SeqEd1.03, AsemblyLIGN1.9, hệ chương trình MacVector8.2 (Accelrys Inc.) để xử lí và thu nhận chuỗi gen cần nghiên cứu. Phân tích xác nhận chuỗi gen thu được thơng qua chương trình Blast trên Ngân hàng gen. Truy cập Ngân hàng gen thu nhận các chuỗi gen và xác định sự tương đồng về nucleotide giữa các gen của virus với đoạn gen thu được trong nghiên cứu. Thành phần acid amin của kháng nguyên virus được thu nhận bằng cách sử dụng bộ mã của vi sinh vật bậc thấp (vi khuẩn - bacterial code) có trong Ngân hàng gen, và so sánh thơng qua chương trình GENEDOC2.5. Xác định sơ đồ phả hệ nguồn gốc phát sinh chủng loại trên cơ sở 3 gen cấu trúc NP, M, NS của chủng virus thu nhận được thực hiện bằng phần mềm MEGA4.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis; theo phương pháp liên kết cận kề với thông số Neighbour Joining - NJ [2].
Chúng tôi tiến hành nghiên cứu lưu giữ và phân tích nguồn gen NP, M, NS với 2 lĩnh vực kỹ thuật chính:
1) Bằng kỹ thuật sinh học phân tử (molecular cloning technology; nghiên cứu phân lập các gen NP, M, NS từ các chủng thu thập trên vịt bị bệnh của năm 2011 tại Việt Nam, lưu giữ tồn bộ gen NP, M, NS trong vector tách dịng.
2) Bằng các chương trình tin-sinh học (bioinformatics) tiến hành phân tích các đặc tính sinh học phân tử chủ yếu là thành phần nucleotide, amino acid, nguồn gốc phả hệ dựa trên 3 gen NP, M, NS của virus đương nhiễm với một số chủng virus cúm A/H5N1 đã phân lập ở Việt Nam và trên Thế giới.
2 1 M