2.2. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.2.6. Phân tích khối phổ và nhận dạng protein
Tiến hành phân tích khối phổ MALDI – TOF MS để xác định khối lƣợng của tập hợp các peptide thu đƣợc sau quá trình thủy phân các spot protein bằng enzyme trypsin. Phƣơng pháp khối phổ (MS) là phƣơng pháp nghiên cứu các chất bằng cách đo, phân tích chính xác khối lƣợng phân tử của chất đó dựa trên sự chuyển động của các hạt mang điện hay ion trong một điện trƣờng hoặc một từ trƣờng nhất định. Nguồn MALDI đƣợc dùng trong phân tích các hợp chất cao phân tử dựa trên nguyên lý làm ion hóa và thăng hoa mẫu peptide từ phức hợp chất nền (matrix) ở dạng tinh thể qua tác động của các xung laser [1].
Mẫu peptide đƣợc phân tích đồng thời với các mẫu chuẩn là hỗn hợp hai peptide Angiotensin II (Mw 1046,54 Da) và Insulin B (Mw 3494,65 Da). Hỗn hợp peptide đƣợc trộn với chất nền CHCA, để khô và đƣa vào máy phân tích khối phổ AXIMA – CRFPLUS. Các thơng số cài đặt bao gồm:
- Nguồn laser: 55
- Profile: 30 profile cho 1 lần bắn - Khối lƣợng tối ƣu: 2.000 Da - Phổ khối lƣợng: 500 – 5.000 Da
Protein đƣợc nhận dạng bằng phƣơng pháp PMF (Peptide Mass Fingerprint). Phƣơng pháp này nhận dạng protein bằng việc so sánh khối lƣợng của tập hợp các peptide thu sau khi thủy phân với cơ sở dữ liệu có sẵn, sử dụng phần mềm Mascot với chế độ tra cứu nhƣ sau:
- Cơ sở dữ liệu: NCBI - Phân loại: Homo sapiens - Enzyme: Trypsin
- Các cải biến không thay đổi: Cacbamidomethyl (C) - Các cải biến thay đổi: Oxidation (M)
- Giá trị khối: MH+
Chƣơng 3 - KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN