Nguyên liệu: phế liệu xương cá ngừ vây vàng khi thu mua phải được đảm bảo là vẫn còn tươi, chưa bị ươn. Phải được bảo quản lạnh (duy trì nhiệt độ <40C) trong thời gian vận chuyển.
Xử lý: nguyên liệu đem về được tiến hành rửa sạch để loại bỏ những tạp chất cơ học, loại bỏ máu, loại bỏ bớt vi sinh vật đặc biệt là vi sinh vật bề mặt. Rửa sạch từng khúc xương cá đã được làm nhỏ sẵn dưới vòi nước sạch hoặc trong chậu nước. Sau khi rửa cho vào rổ để ráo.
Nghiền nhỏ: nguyên liệu sau khi rửa xong rồi nghiền nhỏ (với đường kính lỗ sàng là 0,5cm nhằm tăng diện tích tiếp xúc, tạo điều kiện cho quá trình thủy phân diễn ra nhanh hơn. Sau đó, cho nguyên liệu đã nghiền vào trong túi nhựa. Nếu không dùng ngay thì đem đi bảo quản ở nhiệt độ -180C cho đến khi sử dụng.
Thủy phân: nguyên liệu được cho vào cốc thủy tinh, thêm tỷ lệ nước so với nguyên liệu là 1/1, khuấy trộn đều. Sau khi mẫu đạt nhiệt độ 500C thì tiến hành cho enzyme vào với tỷ lệ enzyme so với nguyên liệu là 0,3%. Tiến hành thủy phân ở nhiệt độ 500C trong bể ổn nhiệt, thời gian thủy phân là 4 giờ. Tiến hành khuấy đảo thường xuyên tạo điều kiện cho quá trình thủy phân diễn ra nhanh hơn. Trong quá trình thủy phân phải thường xuyên theo dõi nhiệt độ của mẫu. Nếu nhiệt độ dao động thì phải chỉnh lại sao cho nhiệt độ thủy phân giữ ổn định ở 500C.
Bất hoạt enzyme: bất hoạt trực tiếp bằng thiết bị ổn nhiệt ở 900C trong vòng 15 phút với mục đích là tiêu diệt enzyme.
Lọc, rửa: Sau khi bất hoạt enzyme xong thì dùng rây để lọc tách riêng phần rắn (phần xương) và phần lỏng (dịch thủy phân). Phần rắn đem đi rửa sạch bằng nước nóng nhằm loại bỏ lipit và các tạp chất khác.
Sau khi rửa xong đem phần rắn đi sấy ở nhiệt độ 100 – 1050C trong thời gian 4h rồi đem đi nghiền nhỏ ta thu được bột khoáng.