Chủ thể của tội phản bội Tổ quốc phải là công dân Việt Nam, tức là người có quốc tịch Việt Nam theo quy định của Luật Quốc tịch Việt Nam. Người nước ngoài không phải là chủ thể của tội phản bội Tổ quốc (đây là một trong những điểm khác biệt so với tội hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân - Điều 79 Bộ luật Hình sự năm 1999).
Theo khoản 2 Điều 12 Bộ luật Hình sự năm 1999, thì tuổi chịu trách nhiệm hình sự đối với các tội rất nghiêm trọng do cố ý hoặc tội đặc biệt nghiêm trọng là từ 14 tuổi trở lên. Tuy nhiên, thực tiễn đấu tranh với loại tội phạm này cho thấy, người phạm tội phải có ý thức chính trị rõ ràng mới bị xử lý, cho nên thực tiễn xét xử chỉ đưa ra truy cứu trách nhiệm hình sự về tội phản bội Tổ quốc trong trường hợp chủ thể của tội phạm ở độ tuổi từ đủ 16 tuổi trở lên, có ý thức chính trị rõ ràng.
Theo quy định tại Điều 49 Hiến pháp năm 1992: "Quốc tịch Việt Nam thể hiện mối quan hệ pháp lý giữa người mang quốc tịch với Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam làm phát sinh quyền và nghĩa vụ của công dân Việt Nam đối với Nhà nước" [24]. Những người không phải là công dân Việt Nam (người nước ngoài, người không quốc tịch) không thể là chủ thể của tội phản bội Tổ quốc.
Bộ luật Hình sự năm 1999, tội phản bội Tổ quốc được quy định tại Điều 78: "Công dân Việt Nam câu kết với nước ngoài nhằm gây nguy hại cho độc lập, thống nhất và toàn vẹn lãnh thổ của Tổ quốc, lực lượng quốc phòng, chế độ xã hội chủ nghĩa và Nhà nước cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam thì bị phạt tù từ 12 năm đến 20 năm, tù chung thân hoặc tử hình" [25]. Ví dụ, vụ án Đỗ Công Thành, sinh năm 1959, quê ở huyện Hàm Thuận, tỉnh Bình Thuận, vượt biên năm 1982. Tại quê nhà được coi là mất tích và đã chết. Năm 1984, hắn xin định cư và nhập quốc tịch Hoa Kỳ, nghề nghiệp hiện nay là kỹ sư điện tử và ở tại 544B Lue ST San Jose CA USA. Vốn là lưu manh chính trị, cho nên ngay từ khi nhập cảnh vào Hoa Kỳ, Đỗ Công Thành đã gia nhập vào tổ chức khủng bố của Nguyễn Hữu Chánh. Tháng 4 năm 2003, theo lệnh của Nguyễn Hữu Chánh, Đỗ Công Thành đã lập ra tổ chức "câu lạc bộ điện thư", với hy vọng tập hợp một số đối tượng chống đối trong nước và số đối tượng phản động lưu vong người Việt Nam ở nước ngoài nhằm chống chính quyền nhân dân Việt Nam. Năm 2005, Đỗ Công Thành đã móc nối với hai đối tượng là Nguyễn Hoàng Long và Trần Hoàng Lê ra "tuyên ngôn" thành lập tổ chức
phản động với mục tiêu của chúng là lật đổ chính quyền Việt Nam hiện nay. Sau khi bị bắt Đỗ Thành Công đã khai nhận hành vi vi phạm pháp luật Việt Nam, đặc biệt đã không giấu giếm các hoạt động nhằm lật đổ chính quyền Việt Nam.
Theo ví dụ trên, về mặt khách quan rõ ràng hành vi của Đỗ Công Thành đã cấu thành tội phản bội tội quốc, tuy nhiên, chủ thể của tội phản bội Tổ quốc phải là công dân Việt Nam, mang quốc tịch Việt Nam. Trong trường hợp này, Đỗ Công Thành lại là công dân Hoa Kỳ, mang quốc tịch Hoa Kỳ, và nhập cảnh vào Việt Nam, do đó, không thể kết tội Đỗ Công Thành về tội phản bội Tổ quốc.
Trong Bộ luật Hình sự một số nước trên thế giới đã phân tích ở phần trên, Bộ luật Hình sự nước Cộng hòa nhân dân Trung Hoa không quy định về tội danh mà chỉ quy định hành vi, còn Bộ luật Hình sự Liên bang Nga và Bộ luật Hình sự Vương quốc Thụy Điển có quy định tội danh phản bội Tổ quốc. Nhưng điểm nổi bật là luật hình sự của các nước đều quy định chủ thể của tội phản bội Tổ quốc chỉ có thế là công dân nước mình. Theo lý luận về đồng phạm, trường hợp hai người trở lên cố ý cùng tham gia thực hiện tội phạm này, thì chỉ cần người thực hành thỏa mãn những đặc điểm của chủ thể đặc biệt, còn những loại người đồng phạm khác như người tổ chức, người xúi giục, người giúp sức không cần phải thỏa mãn điều kiện đó. Áp dụng đối với tội phản bội Tổ quốc, trong trường hợp người nước ngoài, người không có quốc tịch cấu kết với công dân Việt Nam gây nguy hại đến các quyền dân tộc cơ bản của Việt Nam, thì họ sẽ bị truy cứu trách nhiệm là đồng phạm với vai trò đó và phải chịu trách nhiệm hình sự về tội phản bội Tổ quốc.
Trước đây, theo tinh thần Pháp lệnh Trừng trị các tội phản cách mạng ngày 30/10/1967 đòi hỏi chủ thể của tội phản bội Tổ quốc phải là người có địa vị xã hội, có thế lực chính trị nhất định. Còn từ sau khi ban hành Bộ luật Hình sự, tại Điều 72 Bộ luật Hình sự năm 1985 và Điều 78 Bộ luật Hình sự
năm 1999 không đòi hỏi dấu hiệu đó, mà quy định bất cứ công dân Việt Nam nào câu kết với nước ngoài nhằm gây nguy hại cho độc lập, chủ quyền, thống nhất toàn vẹn lãnh thổ của Tổ quốc, đều bị coi là phản bội Tổ quốc.
Tóm lại, chủ thể của tội phản bội Tổ quốc là chủ thể đặc biệt, người phạm tội phải là công dân Việt Nam, mang quốc tịch Việt Nam.