Bờn cạnh những điểm mạnh cơ bản, gúp phần quan trọng nõng cao năng lực cạnh tranh hàng thủy sản xuất khẩu Việt Nam trờn thị trường thế giới núi chung, thị trường Mỹ núi riờng thỡ hàng thủy sản nước ta hiện nay cũn tồn tại nhiều điểm yếu sau:
Thứ nhất, nuụi trồng thủy sản chưa theo quy hoạch cụ thể, dẫn đến tỡnh trạng khi thấy giỏ bỏn cao cỏc hộ nụng dõn, ngư dõn đua nhau đầu tư nuụi trồng, khai thỏc tràn lan làm ảnh hưởng xấu đến mụi trường, suy kiệt nguồn lợi thủy sản tự nhiờn và dẫn đến tỡnh trạng bị ộp giỏ làm giảm hiệu quả xuất
khẩu. Giống và thủy lợi trong nuụi trồng thủy sản chưa được chỳ trọng phỏt triển đỳng mức. Cỏc sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam chủ yếu là nuụi quảng canh và bỏn thõm canh, người nuụi phải sử dụng húa chất và thuốc phũng trừ dịch bệnh, trong khi Việt Nam chưa cú chất thay thế cỏc loại khỏng sinh cấm nờn ảnh hưởng đến việc đảm bảo chất lượng cho sản phẩm xuất khẩu.
Giỏ tụm giống, thức ăn nuụi tụm, cỏ và giỏ cỏc loại thuốc, húa chất cho nuụi thủy sản cao và phụ thuộc nhiều vào nhập khẩu trong khi cỏc loại vật tư này thường chiếm đến 70 % giỏ thành tụm, cỏ nuụi nờn đó làm tăng giỏ thành nguyờn liệu, khiến cho tỷ trọng giỏ nguyờn liệu tăng lờn và chiếm đến 90% giỏ thành sản phẩm. Giỏ nguyờn liệu cao hơn cỏc nước khỏc đó làm giảm khả năng cạnh tranh của sản phẩm thủy sản Việt Nam đặc biệt khi thị trường thủy sản thế giới cú nhiều biến động theo xu hướng giỏ xuất khẩu giảm [12, tr. 12].
Thứ hai, việc đầu tư cho khai thỏc thủy sản cũn dàn trải, thiếu đồng bộ dẫn đến tỡnh trạng sản lượng khai thỏc thủy sản thấp và giỏ thành một số sản phẩm cao so với cỏc nước trong khu vực. Trong những năm qua, Nhà nước đó cú chương trỡnh phỏt triển cỏc đội tàu đỏnh bắt xa bờ nhằm nõng cao năng lực khai thỏc của ngành thủy sản. Tuy nhiờn, khi triển khai đó cú nhiều thiếu sút trong việc lựa chọn, thẩm định và xột duyệt dự ỏn dẫn đến chương trỡnh khụng đạt được mục tiờu đề ra, vốn vay của Nhà nước khú cú khả năng thu hồi. Ngoài ra cựng với mật độ tàu thuyền khai thỏc tăng là hiện tượng khai thỏc bằng cỏc ngư cụ khụng được phộp sử dụng, gõy tỏc động xấu tới nguồn lợi thủy sản.
Việc đầu tư thiết bị, cụng nghệ và ứng dụng khoa học - cụng nghệ mới trong cỏc khõu sản xuất, chế biến hàng thủy sản cũn nhiều hạn chế, khả năng cạnh tranh về mặt chất lượng sản phẩm chưa cao. Cụng nghệ bảo quản hàng thủy sản sau thu hoạch cũn lạc hậu, cụng tỏc quản lý vệ sinh an toàn thực
phẩm chưa được thực hiện tốt ở khõu sản xuất nguyờn liệu và sau thu hoạch. Phần lớn cỏc tàu thuyền đỏnh cỏ đều dựng nước đỏ xay nhỏ để bảo quản sản phẩm, chưa cú hệ thống thiết bị bảo quản hiện đại trờn tàu nờn chất lượng sản phẩm khụng cao.
Thứ ba, chiến lược tăng tốc phỏt triển ngành thủy sản để sỏnh ngang với cỏc nước trong khu vực thời gian qua tuy đó chỳ ý phỏt triển theo chiều sõu, nhưng chưa đồng đều ở cỏc địa phương. Việc đầu tư chiều sõu tập trung nhiều ở khõu chế biến, nhưng đến nay cũng mới cú khoảng 75% cơ sở chế biến thủy sản ỏp dụng hệ thống quản lý chất lượng tiờn tiến, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm và chất lượng sản phẩm xuất khẩu. Cũn lại 25% số lượng nhà mỏy chế biến cú quy mụ nhỏ, đang trong tỡnh trạng mỏy múc, thiết bị đó cũ và lạc hậu, cụng nghệ đơn điệu, chủ yếu là sơ chế; khụng đỏp ứng được yờu cầu về an toàn vệ sinh thực phẩm. Việc phỏt triển và cung ứng nguyờn liệu cho chế biến xuất khẩu chưa đảm bảo bền vững. Một số chủng loại sản phẩm được xỏc định là mặt hàng xuất khẩu chủ lực như cỏ rụ phi đơn tớnh, cỏ nuụi biển, cua ghẹ… chậm được triển khai nuụi diện rộng, làm ảnh hưởng đến sản lượng nguyờn liệu chế biến cho xuất khẩu.
Việc liờn kết giữa cỏc doanh nghiệp chế biến xuất khẩu với những người sản xuất nguyờn liệu, dịch vụ hậu cần thiếu bền vững dẫn đến tỡnh trạng sản xuất nguyờn liệu chưa ăn khớp với khả năng chế biến và chưa đỏp ứng yờu cầu về an toàn thực phẩm của thị trường.
Dịch vụ kiểm nghiệm và giỏm định chất lượng hàng thủy sản xuất khẩu nước ta cũn hạn chế. Trỡnh độ giỏm định của cỏc tổ chức được giao nhiệm vụ giỏm định thấp, trang thiết bị phục vụ cụng tỏc kiểm định hàng xuất khẩu chủ yếu theo phương phỏp thủ cụng, lạc hậu; hệ thống tổ chức và cỏn bộ làm cụng tỏc quản lý VSATTP cũn thiếu và chỉ tập trung ở cỏc cơ quan tỉnh; hệ thống thụng tin về quản lý chất lượng chưa kịp thời.
Những yếu tố trờn đó làm cho chất lượng của hàng thủy sản Việt Nam xuất khẩu bị hạn chế nờn nhiều lụ hàng xuất khẩu chưa đỏp ứng được yờu cầu về vệ sinh an toàn của thị trường Mỹ nờn bị trả lại, gõy thiệt hại cho doanh nghiệp và ảnh hưởng đến uy tớn hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam
Thứ tư, nhu cầu nhập khẩu hàng thủy sản của Mỹ là rất lớn nhưng hàng thủy sản Việt Nam chưa cú thị phần đỏng kể tại thị trường này do chủng loại hàng húa xuất khẩu cũn nghốo nàn. Cỏc mặt hàng thủy sản chủ yếu xuất khẩu sang Mỹ mới gồm tụm, cỏ đụng lạnh sơ chế. Hàng thủy sản xuất khẩu của nước ta chưa xõy dựng chiến lược phỏt triển thị trường dài hạn cho cỏc sản phẩm chủ lực cũng như chưa xõy dựng thương hiệu hàng húa mạnh cho sản phẩm xuất khẩu. Việc tiờu thụ cỏc sản phẩm thủy sản chủ yếu phụ thuộc vào cỏc nhà nhập khẩu và phõn phối của Mỹ, vỡ vậy sản phẩm thủy sản Việt Nam chưa cú lợi thế cạnh tranh về phõn phối và bỏn hàng.
Cỏc doanh nghiệp XKTS của Việt Nam thường cú quy mụ sản xuất nhỏ do vậy gặp khú khăn trong việc đỏp ứng cỏc đơn đặt hàng lớn hay cỏc yờu cầu thời gian giao hàng nhanh của cỏc doanh nghiệp Mỹ. Hơn nữa, cỏc doanh nghiệp thường thiếu kinh nghiệm trong cạnh tranh quốc tế, nờn bị động và lỳng tỳng khi cú tranh chấp thương mại xảy ra.
Cụng tỏc xỳc tiến thương mại tuy đó được quan tõm nhưng hiện nay mới ở trỡnh độ thấp, chưa cú chiến lược thớch hợp xỳc tiến bỏn hàng tại thị trường Mỹ. Cụng tỏc tỡm hiểu, nghiờn cứu thị trường mới chỉ ở bước sơ khai, do chưa cú kinh nghiệm và kinh phớ hạn hẹp. Năng lực tiếp thị hàng húa xuất khẩu của cỏc doanh nghiệp khụng cao, giỏ cả một số chủng loại hàng kộm cạnh tranh. Chưa coi trọng đỳng mức vai trũ của bộ phận Việt kiều tại Mỹ trong việc quảng bỏ sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam. Hỡnh thức giới thiệu sản phẩm, chào hàng cũn đơn điệu, chưa sử dụng nhiều những
phương thức giao dịch tiờn tiến như thương mại điện tử để quảng bỏ sản phẩm của mỡnh