Giải trình tự vùng gen CO1 của các mẫu bướm

Một phần của tài liệu Luận văn Thạc sĩ Giải mã vùng gen Barcoding (Cytochrome C Oxidase 1 – CO1) cho một số mẫu bướm ngày thu tại Hà Giang, Việt Nam (Trang 31 - 35)

Kết quả điện di sản phẩm PCR cho ảnh rõ nét, thể hiện đoạn gen CO1

của 28 mẫu đại diện 14 loài bướm đã được khuếch đại và thu nhận thành công

(xem Hình 3.1). Các đỉnh (peak) huỳnh quangsau khi giải trình tự của các mẫu

vật cũng thể hiện rõ ràng, cường độ mạnh và tương ứng với từng loại nucleotide

khi xem trên phần mềm ChromasPro 2.1.10 (xem Hình 3.2).

Hình 3.1. Kết quả điện di sản phẩm PCR của các mẫu vật.

Hình 3.2. Kết quả giải trình tự hai chiều của mẫu Hes9 thể hiện trên phần

mềm ChromasPro 2.1.10.

Tất cả các mẫu đã đăng ký trình tự trên Genbank và được cấp mã số

tương ứng, thể hiện ởBảng 3.1. Vùng gen CO1 của các mẫu nghiên cứu được

GenBank công nhận có độ dài là 658 bp, ngoại trừ 06 mẫu OK340914,

bp. Thông tin, dữ liệu mẫu vật được thể hiện chi tiết trên GenBank, ví dụ như mẫu OK342239 của loài Carterocephalus alcina có độ dài vùng gen CO1 là 658 bp (xem Hình 3.3) và mẫu OK340917 của loài Dodona ouida có độ dài vùng gen CO1 là 600 bp (xem Hình 3.4). Như vậy, các mẫu này đủ tiêu chuẩn

làm mã vạch DNA và trình tự nucleotide, thông tin, dữ liệucủa từng mẫu được

mô tả chi tiết trong phần Phụ lục 2 và Phụ lục 3.

Bảng 3.1. Danh sách các mẫu nghiên cứu được cấp mã số trên GenBank.

Stt Họ Loài Số hiệu

mẫu GenBank Mã số 1

Hesperiidae Carterocephalus alcina Hes3 OK342239 2 Carterocephalus alcina Hes6 OK342240 3

Hesperiidae Sebastonyma dolopia Hes9 OK342222 4 Sebastonyma dolopia Hes16 OK342223 5

Lycaenidae Catochrysops strabo Lyc22 OK342114 6 Catochrysops strabo Lyc23 OK342115 7

Lycaenidae Cigaritis syama Lyc5 OK342112

8 Cigaritis syama Lyc9 OK342113

9

Lycaenidae Curetis bulis Lyc18 OK342117

10 Curetis bulis Lyc21 OK342118

11

Nymphalidae Dilipa morgiana Nym2 OK342125

12 Dilipa morgiana Nym6 OK342126

13

Nymphalidae Symbrenthia lilaea Nym14 OK342273 14 Symbrenthia lilaea Nym16 OK342274 15

Nymphalidae Vanessa indica Nym1 OK342127

16 Vanessa indica Nym5 OK342128

17

Pieridae Colias fieldii Pie58 OK342129

18 Colias fieldii Pie3 OK342130

19

Pieridae Gonepteryx amintha Pie4 OK342226 20 Gonepteryx amintha Pie51 OK342227 21

Pieridae Pieris canidia Pie28 OK342235

22 Pieris canidia Pie12 OK342236

23

Riodinidae Dodona dipoea Rio3 OK340918

24 Dodona dipoea Rio5 OK340919

25

Riodinidae Dodona eugenes Rio1 OK340914

26 Dodona eugenes Rio4 OK340915

27

Riodinidae Dodona ouida Rio7 OK340916

Hình 3.3. Thông tin, dữ liệu mẫu OK342239 của loàiCarterocephalus alcina

Hình 3.4. Thông tin, dữ liệu mẫu OK340917 của loài Dodona ouida thể hiện trên trang web của GenBank.

Trình tự đoạn gen CO1 của các mẫu trong cùng một loài hoàn toàn giống

nhau hoặc sai khác rất nhỏ, chỉ 01 nucleotide, gồm có mẫu OK342273 và

OK342274 của loài Symbrenthia lilaea sai khác ở vị trí 41, mẫu OK342235 và OK342236 của loài Pieris canidiasai khác ở vị trí 196 (xem Phụ lục 2).

Một phần của tài liệu Luận văn Thạc sĩ Giải mã vùng gen Barcoding (Cytochrome C Oxidase 1 – CO1) cho một số mẫu bướm ngày thu tại Hà Giang, Việt Nam (Trang 31 - 35)

Tải bản đầy đủ (PDF)

(120 trang)