7. Bố cục dự kiến
3.1. Tổ chức chính quyền
Từ năm 1788, sau khi tiêu diệt lực lượng của Nguyễn Hữu Chỉnh, Bắc bình vương Nguyễn Huệ đã cử các võ tướng của mình cai quản các trấn ở Bắc hà. Năm 1789, triều đình mới được tổ chức quy củ. Hoàng để nắm mọi quyền hành. “Công chúa Ngọc Hân (con vua Lê Hiển Tông) được phong làm Bắc cung hoàng hậu. Nguyễn Quang Toản được lập làm thái tử” (Trần Trọng Kim, 2020, tr. 408). Bên dưới hình thành một lớp quan cao cấp, bao gồm các chục Tam Thái, Tam Thiếu, Tam Tư, Đại tổng quản, Đại đồng lí v.v... Công việc nhà nước được phân cho 6 bộ do thượng thư đứng đầu, viện Hàn Lâm, Ngư sử đài, viện Sùng chính v.v… Các đơn vị hành chính địa phương vẫn giữ như cũ. Trấn do Trấn thủ là võ quan đứng đầu, giúp việc có Hiệp trấn là văn quan. Các huyện đều đạt 2 chức văn phân tri và võ phân suất trông coi. Tổng có tổng trưởng, xã có xã trưởng.
Quang Trung cũng thực hiện chế độ phân phong các con trấn trị các khu vực quan trọng như Quang Thùy phụ trách Bắc thành tiết chế, Quang Bàn Đốc trấn Thanh Hoa. Hàng ngũ quan lại bao gồm các vị thân thuộc của nhà vua (như Bùi Đắc Tuyên), các võ tướng Tây Sơn và các cựu thần nhà Lê tự nguyện hợp tác với triều Tây Sơn (như Ngô Thời Nhậm, Phan Huy Ích, Vũ Huy Tấn, Nguyễn Thế Lịch, Trần Bá Lãm, Nguyễn Bá Lân, Nguyễn Thiệp, Bùi Dương Lịch,...). Quang Trung rất trân trọng những nho sĩ này và thường giao cho các chức vụ quan trọng.
Chẳng hạn, Quang Trung đã 3 lần viết thư trực tiếp mời La Sơn phu tử Nguyễn Thiếp ra giúp mình. Trong thư lần thứ 3 có đoạn viết: "Quả đức (ý chỉ Quang Trung) hằng nghĩ và mơ tưởng đến, trải 15 năm đến giờ, chưa lúc nào dám quên. Không ngờ
nay trông lên thành Lục Niên có người tài đang ở đó. Ấy là trời để dành Phu tử cho Quả đức vậy. Tuy Phu tử không thèm tới nhưng lòng dân đen trông ngóng, Phu tử nỡ ngơ lãng được sao!" (Trương Hữu Quýnh, 2008, tr. 427).
Các quan lại đều được bổng lộc theo chế độ hưởng tô thuế một hay vài xã, một số quan chức cao cấp có công thì được cấp thêm ruộng đất (như Ngô Thời Nhậm, Phan Huy Ích, Trần Quang Diệu, Vũ Văn Dũng,...), tuy không nhiều (25 – 30 mẫu).
Để tiện việc điều hành, Quang Trung quyết định chọn đất thành lập kinh đô mới. Việc xây dựng được xúc tiến ngay sau khi chọn vùng chân núi Dũng Quyết (gần Bến Thuỷ - Nghệ An) làm trung tâm với tên gọi Phượng Hoàng trung đô. Để huy động lực lượng nhân dân, Quang Trung đã tiến hành việc lập lại sổ hộ ở các xã.
Hàng ngũ quan lại bao gồm thân thuộc của nhà vua như Bùi Đắc Tuyên, các võ tướng Tây Sơn và các cựu thần nhà Lê tự nguyện hợp tác với triều Tây Sơn như Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích, Vũ Huy Tấn, Nguyễn Thế Lịch, Trần Bá Lãm, Nguyễn Bá Lân, Nguyễn Thiệp, Bùi Dương Lịch,... Quang Trung rất trân trọng những nho sĩ này và thường giao cho các chức vụ quan trọng. Các quan lại đều được bổng lộc theo chế độ hưởng tô thuế một hay vài xã, một số quan chức cấp cao có công thì được cấp thêm ruộng đất (Ngô Thời Nhậm, Phan Huy Ích,...) nhưng không nhiều, khoảng tầm 25 - 30 mẫu.
Tuy nhiên, bên cạnh những sĩ phu của triều đại cũ đã từng theo Tây Sơn và tỏ ra trung thành, phục vụ đắc lực cho triều đại mới như Trần Văn Kỷ, Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích,... thì lại có không ít trong số những sĩ phu cũ, do quyền lợi của họ gắn liền với triều đại phong kiến đổ nát, họ đã tỏ rõ thái độ chống đối chính quyền mới của Quang Trung, không chịu hợp tác, người thì tìm cách thoái thác, lấy cớ già ốm không chịu ra làm quan xin được trí sĩ như Quốc sư của họ Trịnh là Nguyễn Hoàn, Bình chương Phan Lê Phiên, Tham tụng Bùi Huy Bích,... Có người còn tuyệt vọng tỏ thái độ không hợp tác bằng cách uống thuốc độc tự vẫn như Thiêm đô ngự sử Nguyễn Huy Trạc chẳng hạn. Số còn lại đa phần có âm mưu nổi lên chống đối hoặc cùng Lê Chiêu Thống trốn chạy sang Trung Quốc.
Ngay cả những người đã đứng ra hợp tác, tham gia trong chính quyền Tây Sơn thì không phải không còn có người vẫn mang tư tưởng chờ thời, thậm chí có người còn nuôi ý chí ngấm ngầm phá hoại. Đó là những khó khăn trở ngại trên con đường thực thi những đường lối cũng như những chính sách cải cách có tính tiến bộ của triều Quang Trung. Vì những chính sách về kinh tế, văn hóa, xã hội được triều đình Quang Trung ban hành xuống đến nơi đều thông qua đội ngũ giúp việc không trung thành này, rồi thường bị xuyên tạc hoặc thực thi không triệt để. Những hạn chế này là không tránh
khỏi của một chính quyền mới vừa được ra đời và xây dựng từ trong khói lửa của chiến tranh, chưa có được một cơ sở giai cấp làm chỗ dựa vững chắc.