Sau cơng tác xây dựng hệ thống sẽ được đưa vào vận hành. Trước khi đưa hệ thống vào hoạt động cần kiểm tra các thiết bị của từng cơng trình cĩ hoạt động tốt khơng rồi mới cho nước vào hệ thống và bắt đầu xử lý. Trước khi hệ thống đi vào hoạt động người vận hành phải nắm vững quy trình vận hành các thiết bị trong hệ thống đảm bảo cho hệ thống vận hành ổn định, chất lượng nước thải sau xử lý luơn đạt yêu cầu.
Trong thời gian khởi động và vận hành hệ thống, phải thường xuyên kiểm tra và điều chỉnh chế độ làm việc của từng cơng trình sao cho xử lý đạt hiệu quả cao nhất, đa số các hệ thống xử lý nước thải khi đưa vào chạy thử người ta dùng nước sạch để đảm bảo các yêu cầu vệ sinh khi cần sửa chữa. Mỗi cơng trình đơn vị cĩ một khoảng thời gian dài ngắn thích nghi khác nhau trước khi bước vào hoạt động ổn định. Đối với cơng trình xử lý sinh học, khoảng thời gian để hệ thống bước vào hoạt động ổn định tương đối dài (1 – 2 tháng), khoảng thời gian đĩ để VSV thich nghi và phát triển. Trong thời gian đĩ phải thường xuyên lấy mẫu phân tích, xem hiệu quả làm việc của hệ thống.
Vận hành hệ thống cần đảm bảo các yếu tố sau:
Đảm bảo hàm lượng oxy hịa tan trong nước thải ở bể Aerotank
Lấy mẫu phân tích định kỳ
Kiểm tra chế độ làm việc của các cơng trình
Thường xuyên kiểm sốt lượng nước thải chảy vào hố thu gom và các cơng trình xử lý
Lưu lượng khơng khí cấp vào bể điều hịa và bể aerotank
Hiệu suất làm việc của các cơng trình
Năng lượng điện tiêu thụ