Để có căn cứ khoa học đáng tin cậy làm cơ sở hình thành kế hoạch triển khai các định hướng chiến lược chính, cần phải tiến hành các chương trình nghiên cứu sau:
• Xác định lợi thế so sánh của các ngành hàng nông sản và các hoạt động kinh tế nông thôn chiến lược mang tính quốc gia và vùng để định hướng quy mô sản xuất tối đa, cân đối giữa nhu cầu nội địa và quy mô hợp lý để xuất khẩu.
• Đối với những mặt hàng không có lợi thế, nghiên cứu xác định cân đối hợp lý giữa nhập khẩu và sản xuất thay thế nhập khẩu
• Nghiên cứu những mặt hàng có tiềm năng để xác định quy mô, điều kiện cần đáp ứng để khai thác tiềm năng.
• Nghiên cứu các tác động môi trường lớn, các thay đổi cân bằng sinh thái lớn có thể diễn ra do phát triển kinh tế (khai thác khoáng sản quy mô lớn, xây dựng công trình thủy lợi lớn)
• Nghiên cứu dự báo các tác động kinh tế, xã hội, môi trường và giải pháp đối phó biến đổi khí hậu toàn cầu.
• Nghiên cứu xác định lợi thế so sánh của các ngành hàng phục vụ sản xuất nông nghiệp như chế tạo máy móc nông nghiệp, vật tư phục vụ nông nghiệp để xác định quy mô sản xuất – nhập khẩu tối ưu để từ đó đề ra chính sách bảo hộ sản xuất trong nước hay tăng cường nhập khẩu.
• Nghiên cứu dự báo tác động và đề ra hướng xử lỷ những vấn đề nhạy cảm có thể xuất hiện trong tương lai tác động đến kết cấu sản xuất nông nghiệp và kinh tế nông thôn (áp dụng các sản phẩm biến đổi gen, nuôi nhốt động vật hoang dã, phát triển nhiên liệu sinh học, bảo vệ bản quyền tác giả,…)
• Nghiên cứu đặc điểm (văn hóa, kinh tế, tôn giáo, quan hệ huyết thống,…), xu hướng phát triển của các cộng đồng, dân tộc ít người, dân tộc thiểu số trong quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa, dưới
• Nghiên cứu tác động của hội nhập đã cam kết và dự báo các tác động sẽ xảy ra với những vấn đề đang đàm phán, đặc biệt là tác động của vòng đàm phán Đô-ha trong tương lai.
• Nghiên cứu tác động của việc phát triển công nghiệp, đô thị, hình thành vành đai phát triển, hành lang kinh tế mới đến nông nghiệp và kinh tế nông thôn.