Một trong những điểm yếu là nguồn lực đầu tư cho phát triển du lịch còn hạn h p. Bởi vậy, hệ thống hạ tầng kỹ thuật và hạ tầng xã hội dù đã được quan tâm đầu tư song vẫn còn bất cập so với yêu cầu hiện nay của đất nước và khu vực. Việc huy động các nguồn lực, nguồn vốn cho đầu tư phát triển du lịch đã tăng so với với giai đoạn trước nhưng vẫn chưa đủ để đáp ứng yêu cầu đưa du lịch trở thành ngành kinh tế mũi nhọn của tỉnh. Một số dự án trọng điểm tạo sự đột phá cho du lịch chậm tiến độ, huy động vốn thấp… đã gây ảnh hưởng đến các hoạt động phát triển du lịch của tỉnh.
Trong lĩnh vực du lịch, Phú Thọ còn thiếu các doanh nghiệp lớn, mạnh, có đủ năng lực thực hiện các dự án du lịch lớn. Các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực du lịch của tỉnh có quy mô nhỏ và vừa, năng lực cạnh tranh và hiệu quả kinh doanh thấp, nguồn vốn chủ yếu tập trung vào lĩnh vực nhanh thu hồi vốn hoặc khai thác những cái sẵn có. Hiện tại, phần lớn các doanh nghi p du lịch tỉnh Phú Thọthuộc loại nhỏ, thiếu vốn, chất lu ợng dịch vụ hạn chế, năng lực quản lý và hiệu quả hoạt động còn thấp do thiếu chiến lu ợc trong kinh doanh, cạnh tranh đo n lẻ và chu a có khả năng hợp tác thành các tập đoàn để nâng cao vị thế của mình. Các doanh nghiệp du lịch phần lớn tuyển lao động phổ thông không có chuyên môn, điều này làm cho các nghiệp vụ du lịch thiếu tính chuyên nghiệp. Đội ngũ nhân lực du lịch vừa thiếu vừa yếu về trình độ ngoại ngữ và kinh nghiệm. Công tác đào tạo và đạo lại đội ngũ cán bộ phục vụ trong ngành du lịch chưa đu ợc quan tâm.
Công tác thu hút doanh nghiệp lớn đầu tư vào du lịch còn hạn chế, việc đầu tư các điểm du lịch cộng đồng còn manh mún, cơ chế khuyến khích phát triển du lịch chưa rõ nét; các sản phẩm du lịch đặc thù chưa được quan tâm đầu tư, chưa thật sự hút khách; nguồn nhân lực cho phát triển du lịch còn thiếu và yếu; các sản phẩm, đặc sản địa phương tại các điểm du lịch chưa được địa phương quan tâm...
Trên địa bàn tỉnh hội tụ được các yếu tố để đa dạng hóa các loại hình du lịch, nhưng Phú Thọ chủ yếu đang tập trung vào loại hình du lịch tâm linh có tính chất mùa vụ. Các dịch vụ đi theo phát triển chưa tương xứng, nên hầu hết các điểm du lịch của Phú Thọ còn thiếu hấp dẫn đối với du khách. Ở các khu, điểm du lịch của tỉnh vẫn rất ít sản phẩm gắn liền với địa danh và bị pha trộn với các loại hàng hóa tiêu dùng khác. Trong khi đó, đây là yếu tố thu hút sự quan tâm của du khách nhất, bởi nếu không tạo nên cái riêng thì không thể xây dựng được thương hiệu và sản phẩm du lịch đặc trưng để hướng tới phát triển du lịch bền vững.
Trước sức ép cạnh tranh về chất lượng phát triển sản phẩm du lịch ngày càng cao và trên hết Phú Thọ chưa phải là điểm đến thật sự hấp dẫn đối với nhà đầu tư có tiềm lực lớn. Khách du lịch chủ yếu là khách nội địa và là khách tham quan trong ngày; khách lưu trú qua đêm còn ít, ngày khách lưu trú ngắn. Khách du lịch quốc tế còn rất ít.
Nhận thức xã hội về phát triển du lịch vẫn còn hạn chế. Cộng đồng dân cư chưa có ý thức đầy đủ trong việc xây dựng thương hiệu du lịch, giữ gìn giá trị du lịch vốn có và cùng nhau làm
công tác quảng bá hình ảnh. Tại các khu, điểm du lịch trên địa bàn tỉnh chưa phản ánh đầy đủ sắc thái cuộc sống, sinh hoạt hằng ngày của người dân địa phương. Ngoài ra, một trong những hạn chế của ngành du lịch tỉnhnhà là chưa xác định rõ nét lộ trình, bước đi cụ thể đối với các trung tâm du lịch theo quy hoạch; chất lượng nguồn nhân lực chưa đáp ứng được yêu cầu phục vụ khách du lịch, nhất là trong thời k hội nhập sâu rộng như hiện nay.