Nhu cầu lao động cao cho các nhà máy mới và dự án mới:
Những năm gần đây, công ty Vĩnh Hoàn không ngừng mở rộng và phát triển các dự án mới như kế hoạch xây dựng nhà máy thức ăn chăn nuôi, khu liên hợp nông nghiệp thủy sản công nghệ - cao,... Tuy vậy, việc tuyển dụng nhân sự và lao động còn gặp nhiều khó khăn, chưa kịp thời và cần qua nhiều bước đào tạo, dẫn đến tình trạng thiếu hụt nhân lực cần thiết cho các dự án mới.
Chưa ứng dụng khoa học công nghệ thông minh theo kịp tiến bộ nhanh chóng của thời đại: Nhận thức được tầm quan trọng của việc ứng dụng công nghệ vào quá trình sản xuất và quản lý, công ty Cổ phần Vĩnh Hoàn đã có kế hoạch triển khai ứng dụng tự động hóa trong hoạt động sản xuất và đẩy nhanh quá trình tin học hóa trong công ty. Năm 2021, Vĩnh Hoàn tập trung vào đầu tư vào công nghệ số hóa hệ thống quản lý sản xuất cùng với đó là việc xây dựng các dòng sản phẩm phù hợp với việc bán hàng qua kênh Home Delivery. Tuy nhiên, có thể thấy quá trình ứng dụng công nghệ của Vĩnh Hoàn vẫn còn chậm so với các doanh nghiệp khác trên thị trường. Ngoài ra, công ty cũng chưa khai thác được hết các tính năng, lợi thế của những công nghệ đã triển khai như việc chưa
khai thác hết các tiềm năng từ ứng dụng nền kinh tế tuần hoàn trong chuỗi nuôi trồng và chế biến xuất khẩu.
Chiến lược truyền thông, marketing chưa tốt:
Ở thị trường nội địa, tên tuổi của sản phẩm chưa được phát triển phù hợp để tạo sự nhận biết rộng rãi, do đó, thương hiệu sản phẩm chưa phát triển đến người tiêu dùng cuối cùng.