3’ TGCCATTAGCGGT 5’

- giống hệt như hoạt tính của đoạn Klenow

DNA đặc hiệu nhờ enzym DNA polymerase trên máy luân nhiệt

3’ TGCCATTAGCGGT 5’

T4 DNA ligase

 Nguồn gốc: từ phage T4 xâm nhiễm E.coli

 có khả năng nối 2 trình tự DNA đầu bằng, được ưa chuộng nhất trong kỹ thuật tạo dòng.

T4 RNA ligase

 Trích từ phage T4 xâm nhiễm E.coli

 có khả năng nối 2 trình tự RNA bằng các liên kết phosphodieste.

Là enzym cắt DNA (DNase) và enzym cắt RNA (RNase). Các RE: cũng là những nuclease nhưng mang tính

chuyên biệt trình tự cao hơn.

DNase I

 Enzym được tách chiết từ tụy bò

 Xúc tác phản ứng thủy phân các liên kết nằm ngay sau một base pyrimidin (G, C)

 Ứng dụng:

 Loại bỏ DNA tạp nhiễm trong các nghiên cứu DNA và nghiên cứu protein.

 Tạo các chỗ đứt (nick) trên DNA trong các kỹ thuật đánh dấu mẫu dò kiểu nick translation.

 Phát hiện các gen hoạt động trên nhiễm sắc chất. DNase nồng độ thấp có thể phân hủy các gen đang hay đã từng hoạt động, đặc biệt là các vị trí siêu nhạy cảm nằm trong các phần được chuyển mã mạnh nhất của nhiễm sắc thể.

Nuclease S1

 được ly trích từ nấm Aspergillus oryzae, có khả năng phân cắt DNA mạch đơn, không có khả năng phân cắt phân tử lai DNA – RNA.

 Ứng dụng:

 Phân tích cấu trúc của các phân tử lai DNA – RNA.

 Loại bỏ một đoạn đơn ở đầu so le để tạo đầu bằng

 Loại bỏ các cấu trúc bậc hai (nút thòng lọng) trên phân tử RNA trong quá trình chuyển mã ngược tạo cDNA.

Exonuclease III

 được tách chiết từ E. coli

 xúc tác phản ứng thủy phân tuần tự các

nucleotid từ đầu 3’OH tự do của một DNA,

theo chiều 3’ → 5’, tạo nên một vùng mạch

đơn dài trên một phân tử DNA mạch đôi.

 Enzym còn có các hoạt tính 3’ phosphatase,

 Ứng dụng:

 Tạo các cấu trúc mạch đơn ở một số vùng

trên phân tử DNA dùng làm cơ chất cho đoạn Klenow của DNA polymerase I (để sản xuất mẫu dò đặc trưng cho từng mạch).

 Tạo ra những đột biến “mất đoạn” tại những vùng đặc biệt trên DNA khi phối hợp với

nuclease S1.

 Một exonuclease có hoạt tính tương tự là

nuclease BAL31, có hoạt tính exonuclease 5’

→ 3’ và 3’ → 5’, có khả năng tạo các DNA mạch đôi đầu bằng mà không cần sự hiện diện của nuclease S1.

RNase A

 được ly trích từ tụy bò, có hoạt tính rất cao, hiện diện ở mọi nơi và cực kỳ bền vững (không mất hoạt tính khi bị xử lý ở 90oC trong một giờ), có khả năng cắt đặc hiệu liên kết phosphodieste nằm ngay sau một base pyrimidin (C và U) của RNA.

 Ứng dụng:

 Loại bỏ RNA trong các chế phẩm DNA hay protein.

 Loại bỏ các vùng không bắt cặp trên RNA trong phân tử lai DNA – RNA.

RNase H

 có tác dụng loại bỏ RNA trong các phân tử lai DNA – RNA

 thường được dùng để loại bỏ RNA sau các phản ứng chuyển mã ngược để tiếp tục tổng hợp mạch thứ hai của cDNA

tạo nên một phân tử DNA mạch đôi.

 Một số enzym RNase khác:

 RNase III và VI cắt RNA mạch đôi

 RNase T1 cắt ngay sau G

 RNase U2 cắt ngay sau A