Ngành chăn nuôi của Việt Nam sẽ gặp phải những thách thức khi Việt Nam gia nhập WTO. Một trong những thách thức đó là mức độ cạnh tranh trong ngành chăn nuôi hiện tại rất là thấp cả về năng suất, chất lượng, cũng
như giá cả sản phẩm. Theo đánh giá của các cơ quan nghiên cứu, năng suất của Việt Nam hiện thấp hơn 30% so với mức sản xuất của thị trường quốc tế.
Thách thức thứ 2 Việt Nam sẽ phải đối mặt là trợ cấp của các nước giàu, ví dụ một con bò của EU được hưởng trợ cấp một ngày là 2,62 USD. Đây là một ví dụ cho thấy trình độ phát triển chênh lệch quá lớn. Ngoài ra đối với những nước không còn dùng trợ cấp chăn nuôi như Australia, hoặc New Zealand thì ngành chăn nuôi Việt Nam sẽ phải đương đầu với hệ thống sản xuất rất tân tiến và hiệu quả của họ.
Một thách thức nữa là Việt Nam sẽ không được tiếp cận với cơ chế tự vệ đặc biệt để chống lại những đột biến về nhập khẩu cho những mặt hàng chăn nuôi. Như vậy trong trường hợp Việt Nam mở cửa thị trường thì việc tăng số lượng nhập khẩu sẽ có nguy cơ tác động đến giá của các mặt hàng trong nước.
Cuối cùng là với cam kết hội nhập, Chính phủ Việt Nam sẽ phải cắt giảm trợ cấp nông nghiệp trong đó có trợ cấp của ngành chăn nuôi, cắt giảm thuế quan và như vậy có tác động đối với người chăn nuôi, đặc biệt là người chăn nuôi nghèo.
Khi hội nhập, những ngành hàng có lợi thế cạnh tranh sẽ phát triển, những ngành yếu kém sẽ suy giảm, giúp phân bổ lại các nguồn lực hiệu quả hơn.
Như vậy xuất khẩu nông sản có lợi thế sẽ tăng trưởng mạnh do tiếp cận thị trường rộng mở, tạo điều kiện để “cải cách” các doanh nghiệp Nhà nước cũng như thúc đẩy phát triển kinh tế tư nhân. Đây là xu hướng quan trọng để thúc đẩy công nghiệp chế biến nông sản. Tuy nhiên, áp lực cạnh tranh mạnh sẽ làm cho các doanh nghiệp trong nước gặp khó khăn, xuất hiện xu hướng "phụ thuộc" vào các doanh nghiệp quốc tế.
Người nghèo ở vùng sâu vùng xa ít chịu ảnh hưởng. Nhưng chính họ lại cũng không thể tận hưởng được những thành quả của sự hội nhập, và hậu quả là họ sẽ bị tụt hậu.
Một chính sách công bằng là phải bảo đảm cho các cộng đồng phải được thừa hưởng các thành quả của sự phát triển. Đây là nhiệm vụ của chính phủ Việt Nam và các tổ chức xã hội khác.
Khi Việt Nam là thành viên của WTO, một số các mặt hàng nông nghiệp xuất khẩu truyền thống như chè, hạt điều, cà phê, tiêu có điều kiện tiếp cận được với thị trường mở rộng hơn nữa và có cơ hội phát huy thế mạnh cạnh tranh.
Tuy nhiên, cái thách thức hiện tại của các mặt hàng xuất khẩu nông sản Việt Nam thì giá trị gia tăng còn rất thấp, và phụ thuộc nhiều vào yếu tố nhân công lao động rẻ. Điều này sẽ không bền vững về lâu dài.
Nguy cơ Việt Nam sẽ tiếp tục phải đương đầu với các vụ kiện bán phá giá là hoàn toàn có thực, nhất là khi Việt Nam vẫn đang bị coi là nền kinh tế phi thị trường.
Các trợ giúp cho nông nghiệp của chúng ta vẫn còn thấp so với cả các nước đã là thành viên của WTO, ví dụ hỗ trợ "hộp hổ phách" của chúng ta còn thấp hơn cả Thái Lan.
Nếu theo thông lệ của WTO, hỗ trợ phải thấp hơn 10%, tuy nhiên kinh nghiệm của Trung Quốc cho thấy chúng ta cũng không đủ tiền để hỗ trợ được mức này.
Để đảm bảo sự bình đẳng trong thương mại giữa các nước, WTO quy định một số điều cấm đối với các hình thức trợ cấp của Chính phủ như: trợ cấp, trợ giá cho xuất khẩu. Tuy nhiên, WTO không chống lại những hỗ trợ của nhà nước như: Hỗ trợ cho vùng nghèo, phát triển cơ sở hạ tầng, khuyến nông, chuyển giao công nghệ, đào tạo giáo dục...
Việt Nam nên chuyển hẳn sang sản xuất hàng hóa thay vì sản xuất nhỏ lẻ để nâng cao năng lực cạnh tranh.