Một trong những đặc tính quan trọng của Matlab là mô phỏng, người mô phỏng có quyền truy cập thẳng đến phạm vi rộng của những công cụ của Matlab cơ bản để tổng
hợp, phân tích và tiến hành tối ưu hóa trong lúc mô phỏng. Những công cụ này bao gồm những hộp công cụ ứng dụng của Matlab. Đây là tập hợp những tập tin có đuôi mở rộng .m để làm việc trên phần đặc biệt của vấn đề.
Các hộp công cụ không chỉ là tập hợp các hàm hữu ích, chúng còn diễn tả sự cố gắng của một vài nhà nghiên cứu hàng đầu thế giới trong những lĩnh vực như: điều khiển, xử lý tín hiệu, đồng nhất hệ thống và các lĩnh vực khác.
Tất cả các hộp công cụ được xây dựng trực tiếp bằng cách sử dụng Matlab. Điều này có một và liên hệ quan trọng cho người sử dụng:
- Mỗi hộp công cụ xây dựng trên một con số chắc chắn, độ chính xác cao và những năm kinh nghiệm trong Matlab.
- Người sử dụng nhận được sự giao tiếp trực tiếp và sự tích hợp nhanh chóng với công cụ Simulink với bất kỳ hộp công cụ khác mà bạn có thể.
- Vì tất cả các hộp công cụ được viết trong mã của Matlab nên có được những thuận lợi của hệ thống mở của Matlab. Người sử dụng có thể kiểm tra những tập tin có phần mở rộng .m, thêm vào chúng hay tạm thời dùng chúng để tạo ra các hàm riêng của mình. - Mỗi hộp công cụ đề có thể sử dụng trên bất kỳ cấu hình máy tính nào, mà ở đó đã có chạy chương trình Matlab.
Một vài hộp công cụ chuyên dùng ó liên quan đến kỷ thuật như: Simulink, SimPowerSystem, Communication Toolbox, The Control System Toolbox, The Optimization Toolbox, The Patial Differential Equation Toolbox (PDE), The Signal Processing Toolbox, The Statistics Toolbox, Digital Signal Processing Blocket (DSP), Image Processing Toolbox.