Bên cạnh những kết quả đã đạt được, cải cách thể chế trong những năm qua vẫn còn một số hạn chế. Tình trạng ban hành văn bản quy phạm pháp luật không đúng thẩm quyền chưa được khắc phục triệt để, còn một số văn bản quy phạm pháp luật được ban hành có nội dung trái hoặc chưa phù hợp với văn bản quy phạm pháp luật của cơ quan nhà nước cấp trên, nội dung văn bản quy định mâu thuẫn, chồng chéo, sao chép lại các quy định tại văn bản quy phạm pháp luật của cơ quan nhà nước cấp trên, sử dụng không đúng căn cứ pháp lý và còn sai sót về thể thức, kỹ thuật trình bày. Một vài cơ quan, đơn vị việc thực hiện cơ chế một cửa còn tình trạng công khai chưa đầy đủ các TTHC, biểu mẫu hồ sơ, thời gian giải quyết, phí và lệ phí, khiến tổ chức, công dân khó khăn khi liên hệ, giải quyết công việc. Một số lĩnh vực TTHC còn rườm rà, gây khó khăn cho cán bộ, công chức trong giải quyết công việc còn phiền hà cho tổ chức, công dân... Nguyên nhân của những tồn tại nêu trên là do cán bộ, công chức của các cơ quan, đơn vị được giao nhiệm vụ xây dựng văn bản quy phạm pháp luật chưa tự nghiên cứu kỹ và chưa được bồi dưỡng về công tác soạn thảo, ban hành văn bản quy phạm pháp luật. Một số cơ quan, đơn vị chưa nhận thức đầy đủ ý nghĩa, mục đích của cơ chế một cửa trong giải quyết công việc của tổ chức, công dân.
Một số đơn vị chưa nắm vững TTHC nên chưa thực hiện đúng TTHC dẫn đến tình trạng không kiểm soát được TTHC. Từ đó, không tự phát hiện thủ tục nào cần
cắt giảm về mặt giấy tờ, lệ phí, thời gian; không có cơ sở để đề xuất Chủ tịch UBND thành phố xem xét, kiến nghị tỉnh cắt giảm hoặc sửa đổi, bổ sung thay thế; giải quyết TTHC chưa tuân thủ theo quy định về giấy tờ, lệ phí; cập nhật TTHC mới còn chậm so với quy định dẫn đến tình trạng áp dụng văn bản hết hiệu lực trong hoạt động của cơ quan và trong giải quyết TTHC; một số đơn vị chưa nắm chắc nội dung rà soát, phương pháp rà soát dẫn đến tình trạng lung túng trong thực hiện, không đảm bảo theo yêu cầu.
Thành phố Cà Mau đang trong quá trình nâng cấp đô thị, cơ sở hạ tầng để hoàn thiện tiêu chí đô thị loại II và tiến đến đô thị loại I vào năm 2020, thành phố đã thành lập thêm các đơn vị. Do đó ít nhiều gây khó khăn về sắp xếp tổ chức, cán bộ, công chức, viên chức cũng như tăng nhu cầu biên chế. Việc thực hiện phân cấp quản lý cán bộ, công chức, viên chức vẫn còn bất cập trong thực hiện nhiệm vụ cũng như công tác quản lý. Nguyên nhân là do các văn bản của các cơ quan Trung ương quy định về tổ chức bộ máy các cơ quan chuyên môn ở địa phương còn thay đổi. Một số cơ quan, đơn vị thực hiện một số nhiệm vụ được phân cấp còn lúng túng và sai sót như: công tác tuyển dụng, bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, giải quyết chế độ chính sách cho cán bộ, công chức, viên chức,…chưa đảm bảo theo quy định, tình trạng thiếu chuẩn trong bổ nhiệm, quy hoạch,…
Mặc dù công tác đào tạo, bồi dưỡng được tăng cường, số lượng cán bộ, công chức, viên chức qua các khoá đào tạo, bồi dưỡng khá lớn, nhưng nhìn chung kiến thức, kỹ năng, hiệu quả thực thi nhiệm vụ, công vụ của một bộ phận cán bộ, công chức, viên chức còn thấp, chưa phát huy hết khả năng, cũng như kiến thức được đào tạo vào thực tiễn. Nguyên nhân chủ yếu là do nhận thức, thái độ của một bộ phận cán bộ, công chức, viên chức còn hạn chế, thực hiện công vụ còn nặng lợi ích cá nhân. Nội dung, chương trình đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức tuy có đổi mới nhưng còn nặng tính lý thuyết, chưa chú trọng đến kỹ năng thực hiện nhiệm vụ, công vụ; chưa có cơ chế, chính sách thu hút nhân lực có trình độ cao vào các cơ quan, ban, ngành thành phố. Vì vậy, nguồn nhân lực có cải thiện nhưng chưa có bước đột phá về nguồn nhân lực có trình độ cao; Đời sống vật chất của cán bộ, công chức, viên chức, người lao động trong các cơ quan, đơn vị hành chính, sự nghiệp còn nhiều khó khăn.
Việc áp dụng ứng dụng quản lý hồ sơ công việc VIC trong giải quyết công việc hàng ngày là một tiến bộ vượt trội trong CCHC thời gian qua, tuy nhiên hiện nay, chúng ta chưa khai thác tối đa ứng dụng sẵn có của phần mềm này, chỉ dừng lại ở chuyển văn bản qua lại giữa các cơ quan mà chưa khai thác quy trình xử lý văn bản, soạn thảo thảo, trình ký, từ khâu đầu vào đến đầu ra đều phải thực hiện trên máy.
Một số công chức, viên chức làm việc tại Bộ phận Tiếp nhận và Trả kết quả thành phố, xã - phường trong quá trình giải quyết công việc còn có hành vi ứng xử công dân, tổ chức chưa thật hài lòng; một số cơ quan, đơn vị thành phố, xã, phường thiếu trang thiết bị như máy vi tính, máy scan, máy fax, máy photo…điều kiện làm việc chưa bảo đảm theo quy định; còn mất nhiều thời gian trong hội họp, gây lãng phí về kinh phí. Nguyên nhân là do số ít cán bộ, công chức, viên chức còn hạn chế về khả năng sử dụng tin học; Thủ trưởng cơ quan, đơn vị quan tâm chưa đúng mức đến kỷ luật, kỷ cương hành chính; khai thác chưa tốt công nghệ thông tin vào xử lý, giải quyết công việc.
- TTHC tuy đã được rà soát, sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế nhưng vẫn còn rườm rà, nhiều văn bản mới được ban hành thay thế; Sự phối hợp giữa các cơ quan trong giải quyết công việc ở một số lĩnh vực liên quan đến thẩm quyền của nhiều ngành còn thiếu chặt chẽ, thiếu đồng bộ.
- Số lượng cơ quan chuyên môn ổn định so với trước, nhưng số đơn vị trực thuộc chưa giảm, số lượng công chức, viên chức tăng. Một số cán bộ, công chức bố trí công tác chưa đảm bảo về trình độ chuyên môn, nghiệp vụ, thiếu kỹ năng hành chính, chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, gây ảnh hưởng đến chất lượng, hiệu quả thực thi công vụ.
- Chính sách, chế độ tiền lương tuy đã được cải cách nhưng chưa đảm bảo cuộc sống cho đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức, người lao động.
- Việc hiện đại hoá công sở và ứng dụng công nghệ thông tin tại nhiều cơ quan hành chính chưa đáp ứng yêu cầu đòi hỏi trong tình hình mới.