Bên cạnh những mặt tích cực Công ty vẫn còn một số mặt tồn tại cần sớm được khắc phục:
- Công tác kế hoạch chưa đáp ứng được yêu cầu đề ra. Đội ngũ làm công tác kế hoạch còn yếu, hầu hết là nhân viên trẻ mới ra trường, kinh nghiệm còn thiếu, chưa có khả năng tổng hợp dẫn tới trong công việc còn nhiều lúng túng, nhiều sai sót, hiệu quả công việc chưa cao, còn đuổi theo công việc. Lực lượng làm công tác kế hoạch còn mỏng, chưa tự giác học hỏi phấn đấu.
- Số lượng các phòng ban tuy đã được thu hẹp nhưng việc bố trí quá nhiều nhân viên trong một phòng đã dẫn đến tình trạng số nhân viên quá đông mà khối lượng công việc đảm nhận ít, gây nên trình trạng chi phí cho quản lý cao ảnh hưởng đến hiệu quả kinh doanh của Công ty. Việc quản lý chi phí đầu ra, đầu vào chưa chặt chẽ, đồng bộ,… Một số đơn vị, phòng ban chưa ý thức được nhiệm vụ, quyền hạn chức năng của đơn vị mình gây thất thoát lãng phí làm giảm hiệu quả kinh doanh của toàn công ty.
- Công tác tiền lương còn nhiều điều bất cập, quản lý chưa chặt chẽ thống nhất và việc phối hợp chấm công giữa các bộ phận chức năng với các đội tới việc trả lương chưa chính xác, trùng lặp và có trường hợp chưa công bằng.
Công tác thu hồi công nợ, công tác hạch toán còn kém. Công tác quyết toán định kỳ thực hiện chưa tốt.
- Sự phối hợp giữa các phòng ban chức năng có hiệu quả chưa cao. Chẳng hạn sự phối hợp giữa phòng kinh tế kế hoạch và phòng tài vụ không tốt dẫn đến tình trạng nợ đọng quá nhiều trong thanh toán hợp đồng với khách hàng, cũng như thu hồi từ các chủ đầu tư.
- Các biện pháp kích thích tạo động lực cho người lao động còn đơn điệu, ít tác dụng, nhiều biện pháp còn mang tính hình thức… Ngoài ra Công ty chưa tạo được môi trường thuận lợi đầy đủ cho người lao động phấn khởi, yên tâm lao động.