Trong quá trình thực hiện, Luật thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung để kịp thời tháo gỡ những vướng mắc phát sinh, phù hợp với thực tiễn của nước ta. Tuy nhiên, trước yêu cầu phát triển kinh tế-xã hội của đất nước trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hoá và hội nhập kinh tế của Việt Nam trong những năm tới, Luật thuế GTGT cần được tiếp tục hoàn thiện nhằm phát huy hơn nữa những ưu điểm, khắc phục những hạn chế hiện nay. Cụ thể là:
* Về diện hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế GTGT
Luật thuế giá trị gia tăng hiện hành quy định một số nhóm hàng hoá, dịch vụ không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng. Đây là các hàng hoá, dịch vụ trước đây được miễn thuế doanh thu hoặc có mức thuế suất thuế doanh thu thấp (0,5%). Việc quy định hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng là tiếp tục kế thừa Luật thuế doanh thu trước đây, phù hợp với điều kiện khi nền kinh tế nước ta trong giai đoạn đầu chuyển đổi và tạo điều kiện cho cơ sở kinh doanh có thời gian thích nghi với luật thuế mới. Tuy nhiên, trước tình hình mới của đất nước và thực hiện các cam kết quốc tế trong quá trính hội nhập, cần thiết phải rà soát lại một số hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng để điều chỉnh cho phù hợp, cụ thể:
Việc áp dụng không chịu thuế giá trị gia tăng đối với hàng hoá nhập khẩu là máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải làm tài sản cố định của doanh nghiệp, vật tư
thuộc loại trong nước chưa sản xuất được là phù hợp với điều kiện của nước ta để khuyến khích đầu tư đổi mới công nghệ. Đến nay, năng lực về vốn, công nghệ của các doanh nghiệp trong nước đã được nâng cao, nhiều loại máy móc, thiết bị, vật tư trong nước đã sản xuất được mà trước đây phải nhập khẩu do đó, quy định nêu trên chưa tạo điều kiện cho các doanh nghiệp trong nước mạnh dạn đầu tư vào hoạt động nghiên cứu-phát triển, sản xuất ra những máy móc, thiết bị, vật tư mới cung cấp cho nền kinh tế và từng bước chiếm lĩnh thị trường trong và ngoài nước.
Hiện nay, các doanh nghiệp vận tải và đóng tàu của nước ta đã phát triển, đã đóng được tàu vận tải biển có trọng tải lớn có khả năng đáp ứng nhu cầu vận tải trong nước và quốc tế. Cạnh tranh trong lĩnh vực vận tải quốc tế ngày càng gay gắt, việc quy định vận tải quốc tế; hàng hoá, dịch vụ cung cấp trực tiếp cho vận tải quốc tế thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng dẫn đến doanh nghiệp vận tải quốc tế không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào làm tăng cước phí vận tải, giảm khả năng canh tranh với các hãng vận tải nước ngoài. Ngoài ra, quy định hàng hoá, dịch vụ cung cấp trực tiếp cho vận tải quốc tế không chịu thuế giá trị gia tăng trên thực tế rất khó xác định, kiểm soát, dễ bị lợi dụng làm sai lệch mục tiêu của chính sách, gây thất thu thuế.
Trước đây khi ban hành Luật thuế GTGT, việc đưa các hoạt động: Hoạt động văn hoá, triển lãm và thể dục, thể thao; biểu diễn nghệ thuật; sản xuất phim; nhập khẩu, phát hành và chiếu phim nhựa, phim vi-đi-ô tài liệu (khoản 10, Điều 4), điều tra, thăm dò địa chất, đo đạc, lập bản đồ thuộc loại điều tra cơ bản của Nhà nước (khoản 17, Điều 4) vào đối tượng không chịu thuế GTGT là phù hợp bởi vì khi đó, các hoạt động này chỉ do các đơn vị sự nghiệp thực hiện bằng nguồn kinh phí ngân sách. Trong những năm qua và thời gian tới, Nhà nước đang thực hiện chuyển đổi các đơn vị này sang hoạt động theo mô hình doanh nghiệp với sự tham gia của các thành phần kinh tế theo phương thức nhà nước đặt hàng. Việc quy định các dịch vụ nêu trên thuộc đối tượng không chịu thuế đến nay không còn phù hợp vì sẽ không đảm bảo tính liên hoàn của thuế GTGT, doanh nghiệp kinh doanh các hàng hoá, dịch vụ này không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào mà phải tính vào chi phí, từ đó ảnh hưởng tới hiệu quả kinh doanh. Nếu chuyển dịch vụ này sang đối tượng chịu thuế GTGT thì cơ sở kinh doanh sẽ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, giảm chi phí sản xuất kinh doanh.
Trong những năm gần đây, thị trường tài chính đang hình thành và phát triển, kéo theo sự xuất hiện một số dịch vụ tài chính mới như dịch vụ hoán đổi lãi suất, hợp đồng kỳ hạn, hợp đồng tương lai, quyền chọn mua, bán ngoại tệ...(gọi chung là dịch vụ tài chính phái sinh) và các giao dịch chuyển nhượng vốn xuất hiện ngày càng nhiều. Theo thông lệ quốc tế, các dịch vụ tài chính thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. Hiện nay, Luật thuế GTGT mới chỉ quy định không chịu thuế đối với một số dịch vụ tài chính như tín dụng, bảo hiểm nhân thọ...mà chưa có dịch vụ tài chính phái sinh, chuyển nhượng vốn. .
Một số nhóm hàng hoá, dịch vụ cần tiếp tục áp dụng không chịu thuế GTGT cho phù hợp với điều kiện kinh tế-xã hội của Việt Nam, bao gồm: nhóm các mặt hàng sản phẩm nông nghiệp của tổ chức, hộ gia đình cá nhân tự sản xuất và bán ra; các dịch vụ xã hội cần thiết phục vụ chính sách phát triển con người, bao gồm: y tế, giáo dục, đào tạo; một số dịch vụ công như dịch vụ thoát nước đường phố và khu dân cư, duy trì vườn thú, vườn hoa, công viên, cây xanh đường phố, chiếu sáng công cộng, phát sóng truyền thanh, truyền hình công cộng; nhóm các hàng phục vụ an ninh, quốc phòng được tài trợ từ Ngân sách Nhà nước, bao gồm các loại vũ khí, khí tài chuyên dụng phục vụ quốc phòng, an ninh; nhóm các hàng hoá nhập khẩu theo thông lệ quốc tế không thuộc diện chịu thuế GTGT như hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại, hàng nhập khẩu theo tiêu chuẩn miễn trừ ngoại giao, tiêu chuẩn hành lý cá nhân...
* Về điều kiện khấu trừ, hoàn thuế
Luật thuế GTGT quy định phương pháp khấu trừ thuế được áp dụng đối với các loại hình doanh nghiệp, hợp tác xã đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ. Căn cứ để khấu trừ thuế là hoá đơn GTGT mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT nên trong quá trình thực hiện Luật thuế GTGT một số doanh nghiệp đã lợi dụng quy định này, sử dụng hoá đơn giả, hoá đơn ghi chép không trung thực nội dung kinh tế phát sinh và các loại hoá đơn bất hợp pháp khác để kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào nhằm trốn, lậu thuế không những gây thất thu cho NSNN mà còn ảnh hưởng tới môi trường đầu tư, tạo sự bất bình đẳng về nghĩa vụ thuế giữa các đối tượng nộp thuế. Trong thời gian vừa qua đã xuất hiện một loại tội phạm kinh tế mới - tội phạm mua, bán, sử dụng hoá đơn bất hợp pháp để chiếm đoạt tiền thuế GTGT của Nhà nước như một số đối tượng đã lợi dụng sự thông thoáng của Luật Doanh nghiệp, thành lập doanh nghiệp nhằm mục đích mua, bán hoá
đơn kiếm lời bất chính (doanh nghiệp ma), một số cơ sở kinh doanh đã mua hoá đơn bất hợp pháp để kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào...Để ngăn chặn tình trạng này, thời gian qua cơ quan thuế đã áp dụng nhiều biện pháp quản lý chặt chẽ hóa đơn như yêu cầu doanh nghiệp đóng dấu, mã số thuế trên hoá đơn, kiểm tra đối chiếu hoá đơn mua bán giữa các doanh nghiệp... song mới chỉ hạn chế được phần nào tình trạng gian lận nêu trên.
Trước năm 2003, để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng xuất khẩu không bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng nên trong quá trình thực hiện một số cơ sở kinh doanh hàng xuất khẩu đã lợi dụng quy định này lập hồ sơ xuất khẩu hàng hoá khống, sử dụng hoá đơn bất hợp pháp (hoá đơn giả, hoá đơn ghi nội dung mua bán khống...) qua đường biên giới đất liền (đặc biệt là biên giới với Trung Quốc) để hoàn thuế GTGT đầu vào nhằm chiếm đoạt tiền của Nhà nước. Để xử lý vấn đề này, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT năm 2003 đã quy định điều kiện để khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu là phải thanh toán qua ngân hàng. Quy định này đã góp phần ngăn chặn được việc khấu trừ, hoàn thuế GTGT khống.
Tuy nhiên, hiện nay chưa có quy định các cơ sở kinh doanh khi mua bán hàng hoá, dịch vụ trong nước bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng nên khó phát hiện và ngăn chặn được tình trạng mua bán hoá đơn, sử dụng hoá đơn bất hợp pháp để khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào nhằm chiếm đoạt tiền thuế GTGT của Nhà nước. Do đó, cần có quy định việc mua bán hàng hoá, dịch vụ phải thanh toán qua ngân hàng. Việc quy định thanh toán qua ngân hàng là phù hợp với chủ trương của Nhà nước, nhưng để phù hợp với thực tiễn hiện nay, cần thiết quy định việc mua bán hàng hoá, dịch vụ đến một mức tiền nào đó bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh mới được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
* Về thuế suất thuế GTGT
Luật thuế GTGT hiện hành quy định mức thuế suất 5% và 10% (trừ mức thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu). Việc quy định các mức thuế suất này là phù hợp với thực tiễn thời gian qua khi nền kinh tế đang trong giai đoạn chuyển đổi, có tính đến việc kế thừa của Luật thuế doanh thu (11 mức thuế suất từ 0,5%-30%).
Đối tượng áp dụng thuế suất 5% là nhóm các mặt hàng sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến ở khâu thương mại và một số hàng hoá, dịch vụ thiết yếu của người dân như nước sạch, thuốc chữa bệnh, dụng cụ y tế, giáo cụ phục vụ giảng dạy và học tập; một số hàng hoá, dịch vụ là đầu vào của sản xuất nông nghiệp như phân bón, thuốc trừ sâu và chất kích thích tăng trưởng vật nuôi, cây trồng, thức ăn gia súc và dịch vụ trực tiếp phục vụ sản xuất nông nghiệp. Trước đây, các hàng hoá, dịch vụ này có mức thuế suất thuế doanh thu thấp (0,5% đến 1%) nên khi chuyển sang áp dụng thuế GTGT cần thiết áp dụng mức thuế suất 5%. Đây là những sản phẩm phục vụ nhu cầu thiết yếu của người dân nên tiếp tục áp dụng mức thuế suất 5% trong một thời gian nữa.
Những năm đầu thực hiện Luật thuế GTGT, nước ta bị tác động của cuộc khủng hoảng tài chính-tiền tệ Châu Á, một số doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh những mặt hàng đang ở mức thuế suất 10% gặp khó khăn về tiêu thụ hàng hoá sản xuất ra do sức mua xã hội giảm sút nên Chính phủ đã trình Quốc hội điều chỉnh một số hàng hoá, dịch vụ từ mức thuế suất 10% xuống mức thuế suất 5% (ví dụ sản phẩm cơ khí là tư liệu sản xuất; khuôn đúc các loại; ván ép nhân tạo; sản phẩm bê tông công nghiệp gồm dầm cầu bê tông, dầm và khung nhà bê tông, cọc bê tông, cột điện bê tông, ống cống tròn bê tông, hộp bê tông các loại, pa-nen và các loại cấu kiện bê tông cốt thép đúc sẵn phi tiêu chuẩn, bê tông thương phẩm; lốp và bộ săm lốp cỡ từ 900-20 trở lên...).
Thực tiễn những năm qua cho thấy: ngoài các hàng hoá, dịch vụ được điều chỉnh thuế suất từ 5% sang 10% có tình hình sản xuất kinh doanh phát triển, hiệu quả kinh doanh tốt, các hàng hoá, dịch vụ hiện đang áp dụng thuế suất 5% cũng có tình hình sản xuất kinh doanh tốt và có khả năng xem xét để chuyển từ diện áp dụng mức thuế suất 5% sang thuế suất 10%. Việc chuyển lại thuế suất 10% đối với những hàng hoá, dịch vụ này nhằm đảm bảo tính liên hoàn của thuế giá trị gia tăng, hạn chế các trường hợp phải hoàn thuế do có mức thuế suất đầu vào lớn hơn mức thuế suất đầu ra.
Tuy nhiên, trong điều kiện kinh tế - xã hội nước ta hiện nay cần thiết tiếp tục duy trì mức thuế suất 5% đối với hàng hoá, dịch vụ là đầu vào của sản xuất nông nghiệp hoặc hàng hoá, dịch vụ phục vụ nhu cầu thiết yếu của người dân bởi các lý do sau:
(i) Sản phẩm nông nghiệp do cơ sở trực tiếp sản xuất bán ra thuộc diện không chịu thuế GTGT nên cơ sở sản xuất không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào.
Vì vậy, cần tiếp tục duy trì ở mức thuế suất 5% đối với một số hàng hoá, dịch vụ đầu vào chỉ phục vụ cho sản xuất nông nghiệp trong một thời gian nữa để góp phần giảm giá thành, tăng sức cạnh tranh của sản phẩm nông nghiệp trên thị trường;
(ii) Trong giai đoạn đầu hội nhập lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn sẽ bị tác động mạnh, đặc biệt trong điều kiện hiệu quả sản xuất nông nghiệp ở nước ta chưa cao, thu nhập và mức sống của người dân, nhất là nông dân còn thấp. Mặt khác, theo cam kết với Tổ chức thương mại thế giới (WTO) thì nhiều sản phẩm nông nghiệp được tiếp tục duy trì chính sách bảo hộ trong thời hạn 5 năm kể từ ngày gia nhập WTO;
(iii) Hiện nay mặt bằng giá thế giới một số vật tư nguyên liệu là đầu vào của sản xuất tăng mạnh, nhất là đầu vào của sản xuất nông nghiệp, từ đó ảnh hưởng lớn đến giá thành sản phẩm sản xuất trong nước, đời sống của người dân.
Thời gian thực hiện Luật thuế GTGT vừa qua cho thấy còn có vướng mắc do tiêu chí phân định một số hàng hoá, dịch vụ chưa rõ ràng trong việc áp dụng các mức thuế suất 5%, 10%: Việc xác định mức thuế suất vừa theo sản phẩm, hàng hoá, dịch vụ vừa theo công dụng sản phẩm, vừa theo tính chất lý hoá của sản phẩm. Ví dụ, sản phẩm cơ khí tiêu dùng thì áp dụng thuế suất 10%, sản phẩm cơ khí là tư liệu sản xuất là 5%, trên thực tế có những sản phẩm cơ khí không thể phân định được rõ ràng là dùng cho tiêu dùng hay dùng cho sản xuất;
* Nội dung và kết cấu của Luật không còn phù hợp
Luật Quản lý thuế đã được Quốc hội thông qua và có hiệu lực từ 1/7/2007 đã bãi bỏ các quy định về quản lý thuế như: đăng ký thuế, kê khai thuế, nộp thuế, xử lý vi phạm về thuế...của các luật, pháp lệnh về thuế hiện hành, trong đó có Luật thuế GTGT; Mặt khác, những nội dung sửa đổi tuy không nhiều nhưng cũng làm thay đổi kết cấu, thứ tự, số lượng các điều khoản của Luật thuế GTGT hiện hành. Ngoài ra, quy định về thuế GTGT được thể hiện tại 3 văn bản Luật là Luật thuế GTGT năm 1997, Luật sửa đổi, một số điều của Luật thuế GTGT năm 2003, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật thuế GTGT năm 2005. Với nhiều văn bản Luật cùng quy định về thuế GTGT nên chưa tạo thuận lợi cho việc tra cứu, áp dụng pháp luật.