phương pháp khác
- Phương pháp microsatellite hiệu quả hơn phương pháp RFLP ở chỗ đòi hỏi lượng DNA phân tích ít hơn, mức độ đa hình cao hơn và thêm vào đó là khả năng phân tích tự động bằng máy giải trình tự.
- Primer microsatellite có thể được trao đổi dễ dàng giữa các nhà nghiên cứu vì mỗi locus có mang trình tự microsatellite đều được phát hiện bởi những cặp primer thích hợp. Primer microsatellite cũng dễ áp dụng từ loài này sang loài khác hơn phương pháp AFLP.
- Phương pháp microsatellite cho kết quả phân tích tính đa hình chính xác hơn, với mức độ đa hình cao gấp 7 lần so với phương pháp RAPD (Kraic và ctv., 1998).
- Hiện nay, microsatellite là công cụ chủ yếu và đang thay thế phương pháp RFLP trong nghiên cứu lập bản đồ di truyền ở thực vật. Ngoài ra, sự kết hợp giữa phương pháp microsatellite và phương pháp AFLP sẽ giúp cho việc xây dựng bản đồ di truyền một cách chi tiết.
- Đặc tính đồng trội (co-dominant) của microsatellite là một ưu điểm trong nghiên cứu lập bản đồ di truyền, trong khi RAPD và AFLP không có đặc tính này.
- Powell và ctv., (1996) đã tiến hành thí nghiệm kiểm tra hiệu quả của các loại marker di truyền RFLP, RAPD, AFLP và Microsatellite trong phân tích di truyền trên cây đậu tương thông qua 2 chỉ tiêu: phân tích mức độ dị hợp và tỉ số multiplex (số loci phân tích được trong một lần thí nghiệm). Kết quả là marker microsatellite phân tích được mức độ dị hợp cao nhất (0.60), và marker AFLP cho tỉ số multiplex cao nhất.
- Hạn chế của phương pháp microsatellite là không thể áp dụng phân tích trên một hệ thống lớn bao gồm nhiều loài có quan hệ di truyền xa nhau, điều này là do microsatellite có tỉ lệ đột biến quá cao dẫn đến 2 trở ngại. Thứ nhất, trình tự vùng flanking ở 2 bên vùng microsatellite thường khác nhau giữa các loài do đột biến, vì vậy khó có thể áp dụng primer microsatellite của loài này cho loài khác. Thứ hai, do tỉ lệ đột biến cao nên khi 2 loài có cùng kết quả phân tích với 1 trình tự microsatellite, ví dụ như AC19, chúng ta cũng không thể kết luận rằng 2 loài đó có cùng nguồn gốc tổ tiên ban đầu, vì có thể 1 loài phân ly từ tổ tiên của chúng là AC18 rồi đột biến thành AC19, còn 1 loài phân ly từ tổ tiên của chúng là AC20 rồi đột biến thành AC19.