Lịch sử hành chính Nhật Bản được khái quát thành ba giai đo ạn :
- Giai đoạn quốc gia cổ đại Nhật Bản ra đời (từ thế kỷ thứ III đến giữa thế kỷ thứ VI). Đầu công nguyên, ở Nhật Bản có khoảng 100 bộ lạc, mỗi bộ lạc có vua hoặc nữ hoàng và tôn giáo riêng. Đến giữa thế kỷ I, một tiểu quốc đầu tiênđược thành lập - đây có thể mới chỉ là các bộ lạc hoặc liên minh các bộ lạc(1). Từ giữa thế kỷ thứ III đến thế kỷ thứ VI quốc gia cổ đại Nhật Bản với tên gọi là Yamato được thành lập là kết quả của quá trình chinh phục, chiếm đoạt đất đai của nhiều tiểu quốc. Người đứng đầu Yamato có thế lực ngày càng mạnh và trở thành Thiên Hoàng. Thiên Hoàng tập hợp xung quanh mình các thị tộc, biến các thủ lĩnh bộ lạc thành quan lại thay mặt cho chính quyền trung ương ở các địa phương.
- Giai đoạn thành lập và xây dựng nhà nước phong kiến Nhật Bản (từ thế kỷ thứ VI đến nửa đầu thế kỷ XIX) được chia làm ba thời kỳ:
+ Từ thế kỷ thứ VI đến đầu thế kỷ thứ VIII: là giai đoạn thành lập nhà nước phong kiến tập quyền, đóng đô ở Asuka (gần thành phố Nara ngày nay). Tên nước từ Yamato đổi thành Nhật Bản(2). Thiên Hoàng Xiotocu công bố Luật 17 điều, trong đó đề cao tư tưởng trung quân. Chính tư tưởng trung quân, muốn xây dựng và củng cố một nhà nước trung ương tập quyền vững mạnh theo hình mẫu Trung Quốc là nguyên nhân dẫn đến cuộc cải cách Taica(3) - cuộc cải cách đầu tiên trong lịch sử hành chính Nhật Bản.
+ Từ thế kỷ thứ IX đến cuối thế kỷ XII: các dòng họ quý tộc hùng mạnh ở Heian thay nhau nắm sức mạnh chính trị của đất nước, lấn át quyền lực của Thiên Hoàng. Trong mô hình quản lý nhà nước thời kỳ này có chức danh Nhiếp chính. Đó là người giúp Thiên Hoàng trị vì đất nước và thâu tóm mọi quyền lực. Cuối thời kỳ này, tầng lớp võ sĩ samurai bắt đầu hình thành và tranh giành quyền lực với các dòng tộc quý tộc.
+ Từ thế kỷ XII đến thế kỷ XIX: là thời kỳ phát triển cuối cùng và cao nhất của chế độ phong kiến Nhật Bản, thường được gọi là thời kỳ Bakufu - tức Mạc phủ(4). Thời kỳ Mạc phủ được chia làm 3 giai đoạn: Mạc phủ Kamakưra, Mạc phủ Muromachi và Mạc phủ Tokưgaoa(5). Thời kỳ này bắt đầu từ việc Minamoto Yoritomo được Thiên Hoàng phong cho danh hiệu Tướng quân - mở đầu cho việc thiết lập chính quyền quân sự của tầng lớp samurai ở Nhật Bản. Thực chất quyền
- Giai đoạn xây dựng nhà nước quân chủ lập hiến Nhật Bản (từ nửa sau thế kỷ XIX đến nay). Nhà nước phong kiến Nhật Bản được thay thế bởi nhà nước quân chủ lập hiến thông qua cuộc cải cách của Thiên Hoàng Minh Trị. Mô hình chính quyền Nhật Bản được chuyển đổi theo hướng kết hợp giữa thể chế chính trị của phương Tây - phân chia quyền lực theo chế độ đại nghị (thành lập Chính phủ lập hiến) kết hợp với thể chế quan liêu truyền thống của Nhật Bản (vẫn duy trì chế độ Thiên Hoàng). Bằng cải cách Minh Trị, quyền lực của Thiên Hoàng được khôi phục đồng thời cũng là sự cáo chung của chế độ phong kiến tồn tại hàng nghìn năm tại Nhật Bản.
Nhật Bản là nước theo hệ thống quân chủ lập hiến, trong đó Thủ tướng là người nắm quyền cao nhất về các phương diện quản lý quốc gia và chịu sự giám sát của hai viện quốc hội cùng Tòa án Hiến pháp có thẩm quyền ngăn chặn các quyết định vi hiến của chính phủ. Thiên Hoàng về danh nghĩa là tối cao nhưng chỉ mang tính tượng trưng, không đư ợc tham gia vào chính trị.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Nhật bản Shinzo Abe sau buổi hội đàm hôm 28/5/2016