Như chúng ta đã biết, ngoài sứ mạng là một mục tử, cha Trần Lục còn là một người đa tài. Cha giỏi về đối ngoại, giỏi khẩn hoang lập ấp, giỏi kiến trúc và giỏi cả về văn thơ. Thật vậy, trong suốt 34 năm làm chính xứ Phát Diệm, cha đã chú trọng đến việc giáo dục giáo đoàn bằng cách sáng tác ra các bài ca vè trường thiên, thường gọi là “Ca Vè Cụ Sáu” bằng chữ Nôm và chữ Quốc ngữ, như: Hiếu Tự Ca (1088 câu), Nữ Tắc Thường Lễ (1016 câu)… Những ca vè này có sức phổ biến rộng rãi vì mang nội dung giáo dục thiết thực, còn hình thức thể vè mộc mạc, dễ hiểu và dễ nhớ. Cho tới tận ngày nay, một số giáo dân Phát Diệm còn thuộc lòng nhiều câu “Ca Vè Cụ Sáu”. Một nhận xét chung là người Việt Nam có truyền thống trọng sự học. Riêng vùng Kim Sơn, tuy mới thành lập, nhưng hầu như làng nào cũng có trường học. (45)
Cha Trần Lục là người trông xa thấy rộng, đương nhiên, không thể không nghĩ tới sự học vấn cho con em dân chúng. Tiếc rằng, Chúa đã cất cha về sớm, cho nên chưa thực hiện được việc xây cất một học đường tương xứng.
Các nhân sĩ bô lão Phát Diệm còn nhớ Cụ Lớn Khâm Trần Lục hồi đó quen biết và trọng dụng Tiến sĩ Nguyễn Tư Giản, quê Bắc Ninh, đỗ Tiến sĩ năm 27 tuổi, là người có khả năng khai trí cho dân Phát Diệm. Cha Trần Lục đã đưa Tiến sĩ Giản về trú tại nhà ông Nguyễn Gia, phía Tây ao hồ, để mở trường dạy học. Tại đây, ít người biết rõ Tiến sĩ Nguyễn Tư Giản đã có một quá khứ oanh liệt, người ta chỉ biết cụ đồ Giản ngồi gõ đầu một lũ trẻ mà thôi (46).
Khoảng đầu thế kỷ 20, nền học vấn Việt Nam dần dần thay đổi từ Nho học sang tân học. Khi Tiến sĩ Nguyễn Tư Giản qua đời năm 1890, cha Trần Lục đã xây cho Phát Diệm một nhà trường ngoài cổng đá lớn phía Đông, quay mặt về phía Nam (ao hồ) để dạy Quốc ngữ. Hai giáo viên đầu tiên là hai ông giáo Huệ và giáo Lợi; người địa phương thường gọi nôm na là Trường Cụ Đinh (tên Linh mục hiệu trưởng).
Năm 1901, Đức cha Marcou Thành về nhận giáo phận mới Phát Diệm, ngài cũng đã lưu tâm ngay tới học đường. Để phát triển công tác giáo dục, Đức Giám mục Marcou Thành đã lệnh cho các linh mục thời đó, chính cũng như phó xứ, phải đi thi, để có khả năng đảm nhận các trường học trong Giáo phận (47).
Chính Đức cha Marcou Thành đã dời Trường Cụ Đinh vào trong khuôn viên Thánh đường, nằm về phía Tây Nam, vừa dạy Việt ngữ vừa dạy Pháp văn, và được gọi là Trường Cố Cẩn (tên linh mục thừa sai làm hiệu trưởng). Sau này, trường đổi tên là Trường Trần Lục. Sau năm 1933, Đức cha Nguyễn Bá Tòng, Giám mục tiên khởi Việt Nam, đã mời các sư huynh La Salle về phụ trách nhà trường một thời gian và đã gặt hái thành công đáng kể.
Về phía nữ giới, Đức cha Marcou Thành cho mở trường trên đất bệnh viện các Chị Em Đức Mẹ Truyền Giáo tại Phu Vinh. Đời Đức cha Tòng, một trường khác được mở bên Dòng Mến Thánh Giá Lưu Phương.
Từ năm 1950, các linh mục kế tiếp nhau làm hiệu trưởng Trường Trần Lục là: Linh mục Trần Văn Kiệm, Linh mục Mai Văn Điệu, Linh mục Trần Văn Chất và Linh mục Trần Phúc Long. Sau năm
1954, Trường Trần Lục di chuyển vào Nam, đồng thời với Trường Hồ Ngọc Cẩn (bên Bùi Chu), được ít lâu thì cả hai biến thành trường công lập.