Một là: Cơ cấu đầu tư nước ngoài vào Việt Nam chưa hợp lí.Đầu tư nước ngoài vào Việt Nam chỉ tập trung vào một số địa bàn và những ngành có khả năng thu hút vốn nhanh,ít rủi ro và có cơ sở hạ tầng khá.Cụ thể:
- 58% tập trung vào Đông Nam Bộ,thấp nhất vẫn là khu vực miền trung,bên cạnh đó kể cả khu vực miền bắc thì các vùng sâu vùng xa cũng không được đầu tư cao.
- Hơn 10 năm qua,có 189 dự án đầu tư vào khách sạn,nhà hàng với tổng vốn gần 4 tỉ USD,dự án vào công nghiệp là 11,5 tỉ USD,nhưng đầu tư vào nông nghiệp thì quá thấp.
Hai là:Hiệu quả đầu tư chưa cao và không đều,một số dự án còn bị thua lỗ.Nguyên nhân thua lỗ ở đây bao gồm cả chi phí khấu hao tài sản có định quá lớn do định giá máy móc thiết bị nước ngoài được nhập vào để liên doanh so với giá thực tế.Bên cạnh đó,còn có các nhà đầu tư lợi dụng quan hệ hợp tác đầu tư và sở hở trong chính sách,kiểm soát buôn lậu đã trốn thuế,gây thiệt hại trong tăng trưởng kinh tế. Một số doanh nghiệp ĐTNN có biểu hiện áp dụng các thủ thuật chuyển giá tinh vi như nâng khống giá trị góp vốn (bằng máy móc, thiết bị, bản quyền…), giá trị mua bán nguyên vật liệu đầu vào, bán thành phẩm, thành phẩm, dịch vụ, phí quản lý, tiền bản quyền, chi phí bảo lãnh, cho vay, trả lương, đào tạo, quảng cáo, nhà thầu, chuyển nhượng vốn … tạo nên tình trạng lỗ giả, lãi thật, gây thất thu ngân sách, làm cho đa số bên Việt Nam phải rút khỏi liên doanh, doanh nghiệp trở thành 100% vốn nước ngoài.
Ba là:Đầu tư nước ngoài đã và đang tạo ra sự cạnh tranh gay gắt với các doanh nghiệp nội địa về lao động,kĩ thuật,thị trường và xuất khẩu.Ví dụ như với mức lương cao hơn,lao động sẽ đổ về các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài hơn.Có những xí nghiệp vốn đầu tư nước ngoài đã xúc phạm nhân phẩm người lao đông,mua chuộc hoặc phản ứng với các cán bộ công đoàn,do giá lao động rẻ nên các nhà đầu tư đã tăng cường độ lao động.
Bốn là:Mô hình khu công nghiệp,khu chế xuất tuy có nhiều ưu điểm,nhưng ở Việt Nam cũng xuất hiện những hạn chế trong mô hình này.Trước hết là xu hướng phát triển tràn lan không theo quy hoạch,chạy theo số lượng mà chưa tính đến yếu tố hiệu quả.Có dự án đầu tư nhưng không có đủ diện tích cho thuê, xây dựng công xưởng…