Khác với cơ chế giải quyết tranh chấp truyền thống, EVIPA không sử dụng cơ chế trọng tài đầu tư quốc tế mà thiết lập một thiết chế cố định để giải quyết tranh chấp đầu tư; xây dựng khung thời hạn tố tụng nhằm giải quyết tranh chấp nhanh chóng, kịp thời và bổ sung quy định cụ thể về tính minh bạch; nâng cao hiệu quả của biện pháp thi hành phán quyết; các quy định hạn chế khiếu kiện, bên thứ ba tài trợ cho vụ kiện; biện pháp bảo đảm chi phí tố tụng. Bên cạnh đó, EVIPA cũng hướng tới việc đảm bảo hiệu quả các biện pháp giải quyết tranh chấp ngoài tố tụng như đàm phán và hòa giải.
EVIPA thiết lập một hệ thống hội đồng tài phán cố định (hay thường được các học giả gọi là Tòa án đầu tư) gồm hai cấp xét xử là Hội đồng tài phán (sơ thẩm) và Hội đồng tài phán phúc thẩm. Mỗi vụ tranh chấp sẽ được xét xử bởi một Hội đồng gồm ba thành viên, trong đó một thành viên là người mang quốc tịch của quốc gia thành viên EU, một thành viên khác là người mang quốc tịch Việt Nam và một thành viên còn lại là người mang quốc tịch của quốc gia thứ ba. Do đó, các bên tranh chấp sẽ không thể can thiệp trực tiếp vào quá trình thành lập hội đồng xét xử, từ đó giúp đảm bảo quyền được xét xử công bằng và bình đẳng giữa các bên tranh chấp.
Đồng thời, thời hạn thủ tục tố tụng chỉ kéo dài trong khoảng 02 năm và không thể bị trì hoãn đối với quá trình này. Theo đó, nếu tranh chấp không thể giải quyết bằng cách giải quyết tranh chấp thay thế ngoài tài phán (đàm phán, hòa giải) trong vòng 06 tháng kể từ ngày nguyên đơn yêu cầu tiến hành các cuộc đàm phán giải quyết tranh chấp hoặc trong vòng 03 tháng kể từ ngày họ gửi thông báo dự định nộp hồ sơ khiếu kiện (Điều 3.35 IPA), Hội đồng tài phán sẽ được thành lập trong vòng 90 ngày kể từ ngày nộp hồ sơ khiếu kiện và sẽ tiến hành tố tụng theo một thủ tục rất chặt chẽ về thời gian (Khoản 7 Điều 3.38 IPA). Hội đồng tài phán sẽ ban hành phán quyết tạm thời trong vòng 18 tháng kể từ ngày nộp hồ sơ khiếu kiện và thời hạn giải quyết khiếu nại dựa trên yêu cầu của bên tranh chấp sẽ không vượt quá 06 tháng (Khoản 6 Điều 3.53 IPA).