Những tồn tại chủ yếu trong hoạt động tín dụng đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa được thể hiện ở một số điểm sau:
• Tỷ lệ nợ xấu trong dư nợ doanh nghiệp nhỏ và vừa tại Ngân hàng Quân đội tuy đã ở mức tương đối hợp lý và thấp hơn mặt bằng của một số ngân hàng TMCP khác nhưng vẫn luôn cao hơn so với tỷ lệ nợ xấu của mọi
đối tượng khách hàng. Điều này cho thấy hoạt động tín dụng doanh nghiệp nhỏ và vừa chứa đựng rủi ro tiềm ẩn cao hơn so với các đối tượng khác. Yêu cầu đặt ra là Ngân hàng phải có những giải pháp cụ thể, mạnh mẽ hơn để giải quyết tình trạng này, tạo cơ sở vũng chắc cho sự tiếp tục mở rộng dư nợ đối với khách hàng là doanh nghiệp nhỏ và vừa.
• Hiệu quả sử dụng vốn chưa cao. Đóng góp của hoạt động tín dụng doanh nghiệp nhỏ và vừa vào lợi nhuận từ hoạt động tín dụng của toàn ngân hàng chưa tương xứng với tỷ trọng dư nợ của đối tượng khách hàng này trong tổng dư nợ. Đồng thời, tỷ lệ lợi nhuận trên 1 đồng vốn cho vay còn thấp, chỉ đạt trụng bình 2,8%. Những điều này cho thấy hiệu quả sử dụng vốn trong hoạt động tín dụng doanh nghiệp nhỏ và vừa còn thấp.
• Cơ cấu cho vay theo loại hình doanh nghiệp đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa còn chưa hợp lí. Dư nợ đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa là Doanh nghiệp Nhà nước mặc dù đang có xu hướng giảm dần nhưng vẫn còn khá cao. Bên cạnh đó, tỷ trọng dư nợ của các ngành nông lâm ngư nghiệp và xây dựng vẫn chiếm tỷ trọng trung bình đến 15% tổng dư nợ doanh nghiệp nhỏ và vừa. Đây là những ngành chứa đựng nhiều rủi ro do các yếu tố tự nhiên cũng như các yếu tố thuộc về năng lực máy móc thiết bị của doanh nghiệp, dẫn đến nguồn doanh thu từ các doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực này thường không ổn định, không đảm bảo khả năng thanh toán đủ hoặc đúng hạn cho ngân hàng.
• Mặc dù tỷ lệ dư nợ có tài sản đảm bảo và tỷ lệ giá trị tài sản/dư nợ của doanh nghiệp nhỏ và vừa tương đối cao nhưng tài sản đảm bảo của khách hàng phần lớn là những máy móc thiết bị chuyên ngành, hàng tồn kho có tính thanh khoản thấp. Mặt khác, quy trình nhận tài sản bảo đảm của Ngân hàng chưa được hệ thống hoá và áp dụng đồng bộ. Vì vậy, việc nhận
tài sản bảo đảm của mỗi chi nhánh, mỗi đơn vị vẫn mang tính chủ quan và riêng lẻ.