Hiện nay, tăng trưởng nguồn vốn đặc biệt là vốn trung và dài hạn huy động từ dân cư, từ các tổ chức kinh tế được ngân hàng coi là nhiệm vụ hàng đầu, là vấn đề cấp bách trước mắt và là chiến lược lâu dài cần phải được giải quyết. Công tác đó có ý nghĩa vô cùng quan trọng và được ngân hàng coi là khâu mở đầu cho hoạt động kinh doanh của mình. Để huy động được vốn thì phải đảm bảo lợi ích của người gửi tiền, lãi suất huy động cao nhưng cho vay đầu tư cuùng với lãi suất cao thì các doanh nghiệp không chấp nhận được. Đây là vấn đề khó khăn , tạo ra sức ép lớn đối với sở I NHĐT&PTVN trong khi phải giữ vững và phát huy vai trò của một ngân hàng chủ đạo trong phục vụ đầu tư, phát triển.
Tuy nhiên về thu hút vốn đó còn một số khó khăn cần khắc phục:
+ Cơ cấu vốn theo thời gian chưa hợp lý: Hiện nay nguồn vốn để sở I huy động đẻ cho vay chủ yếu là vốn thu hút từ dân cư, các tổ chức kinh tế và các nguồn tài trợ uỷ thác của nước ngoài, nhưng tỷ trọng vốn trung và dài hạn huy động được so với tổng nguồn vốn huy động còn thấp, do vậy chưa đáp ứng được kế hoạch vốn cho vay trung và dài hạn của ngân hàng, khiến ngân hàng thường xuyên phải sử dụng các khoản vốn ngắn hạn để cho vay trung và dài hạn, tình hình này ít nhiều đã gây ra những khó khăn trở ngại cho hoạt động của ngân hàng trong qúa trình thực hiện các kế hoạch về tín dụng, đồng thời cũng gây khó khăn cho khả năng thanh toán của ngân hàng.
+ Tốc độ tăng trưởng nguồn vốn trung và dài hạn còn chưa cao điều này gây ra tình trạng mất cân đối trong nguồn vốn trung và dài hạn so với tổng nguồn vốn huy động vẫn còn kéo dài trong thời gia tới, vì vậy các khó khăn về vốn truung và dài hạn có thể sẽ là vấn đề trong nhiều năm sau của ngân hàng.
+ Trong vốn huy động bằng ngoại tệ lại chủ yếu là USD, do vậy khi ngân hàng cho vay vốn bằng ngoại tệ để thực hiện kế hoạch đầu tư trong nước nhằm tạo ra các sản phẩm thay thế hàng nhập khẩu, trong khi tỷ giá thường xuyên thay đổi lớn (tỷ giá hiện nay có xu hướng tăng lên) làm cho các rủi ro về tỷ giá tăng lên đối với ngân hàng và khách hàng. Khi đó khách sẽ khó khăn để trả vốn bằng USD cho ngân hàng. Tình trạng này xuất phát từ yếu tố sùng đôla của người dân Việt nam, và tâm lý sợ đồng việt nam sẽ mất giá trong thời gian tới nên nhiều người đã tăng cường mua đôla để tích trữ dẫn đến giá đôla tăng lên gây bất lợi cho ngân hàng trong thực hiện các khoản tín dụng.