Dòng truyền tải là sự kết hợp của một số các chương trình truyền hình với nhau, những chương trình này được lấy từ những nguồn khác nhau. Sẽ là ảo tưởng nếu cho rằng tất cả các chương trình này đồng bộ với nhau, vì thế dòng truyền tải phải được thiết kế cho các chương trình không đồng bộ. Cơ chế để tách các chương trình không đồng bộ trong dòng truyền tải gọi là chuẩn đồng hồ chương trình PCR (Program Clock Reference).
Với dòng chương trình (program stream), thì tất cả các chương trình yêu cầu phải được đồng bộ, do đó chỉ cần một đồng hồ ở bộ giải mã. Trong trường hợp này cơ chế đồng bộ gọi là chuẩn đồng hồ hệ thống SCR (System Clock Reference).
Hình 3.2 mô tả cách thức mà hệ thống PCR/SCR làm việc. Mục tiêu là tái tạo lại đồng hồ 27MHz ở bộ giải mã đồng bộ với bộ mã hóa. Tại bộ mã hóa, đồng hồ chuẩn 27MHz được đưa đến bộ đếm tiến 48-bit.
Bộ hợp kênh dòng truyền tải sẽ lấy mẫu theo chu kì trạng thái của bộ đếm và đặt giá trị này vào phần tiêu đề của gói truyền tải. Đó chính là giá trị PCR. Bộ giải mã chỉ chọn những gói có PID phù hợp với chương trình mà nó được yêu cầu để giải mã. Từ những gói này, bộ giải mã sẽ tách ra giá trị PCR. Với dòng chương trình thì giá trị được chèn vào phần tiêu đề không phải là PCR mà là SCR.
Hình 3.2: Sử dụng tham chiếu đồng hồ chương trình hoặc tham chiếu đồng hồ hệ thống (PCR/SCR) để tái tạo đồng hồ ở bộ giải mã
Giá trị PCR/SCR được dùng để điều khiển vòng khóa số NLL (numerically locked loop). NLL có chứa một bộ 27 MHz VCXO (voltage controlled crystal oscillator). Bộ VCXO này điều khiển một bộ đếm 48-bit giống như bộ mã hóa. Giá trị của bộ đếm này được so sánh với giá trị của PCR/SCR, sự sai khác này được sử dụng để điều chỉnh tần số
của bộ VCXO. Sau một thời gian điều chỉnh, giá trị của bộ đếm sẽ trùng với giá trị PCR/SCR, khi đó bộ VCXO sẽ được giữ cố định không thay đổi nữa. Trên thực tế thì do ảnh hưởng của kênh truyền mà vẫn có sự sai pha trong vòng lặp. Lỗi này được loại bỏ bởi bộ lọc vòng (loop filter) để làm cho bộ VCXO vẫn làm việc hiệu quả với lỗi pha.