Vinamilk đã vô cùng thành công ở thời điểm hiện tại khi doanh thu, ngân sách, chất lượng và phản hồi đều rất tốt. Tuy Vinamilk sở hữu những yếu tố mà một doanh nghiệp thành công đều có, nhưng vẫn không thể tránh khỏi một số nhược điểm.
Một số nguyên liệu của sản phẩm được nhập khẩu từ nước ngoài. Đối với những sản phẩm dạng bột, nguyên liệu của Vinamilk được nhập khẩu 100% từ các nước: Mỹ, Úc, New Zealand, EU và Nhật Bản. Việc nhập nguyên liệu từ nước ngoài bởi nhu cầu thích ứng cho cả thị trường nội địa và ngoại địa, hơn nữa là bởi môi
trường nước ngoài có sự đầu tư chất lượng hơn cho nguyên liệu. Tuy nhiên, việc nhập nguồn nguyên liệu từ các nước khác đồng nghĩa với việc thương hiệu sẽ chịu sự biến động giá một khi thị trường nước ngoài có sự biến đổi. Chi phí đầu vào chịu tác động bởi giá sữa thế giới và biến động tỷ giá.
Các sản phẩm của thương hiệu đa dạng, tuy nhiên vẫn chưa có sản phẩm phù hợp đối với phân khúc khách hàng cao cấp. Trong khi ở thời điểm hiện tại thị trường trong nước có sự xuất hiện của một số nhãn hiệu ngoại nhập thì việc lôi kéo một bộ phận khách hàng cao cấp chưa hẳn là thế mạnh đối với Vinamilk. Việc thiếu đi phân khúc khách hàng cao cấp có thể ảnh hưởng đến lợi nhuận lâu dài của công ty. Bên cạnh đó còn là sự cạnh tranh với các đối thủ rất mạnh như TH True Milk, Dutch Lady… cũng là thách thức đối với “ông vua làng sữa.”
Một bất lợi nữa đối với Vinamilk chính là điều kiện thời tiết ở Việt Nam. Việt Nam là nước có khí hậu nhiệt đới ẩm gió mùa. Điều này đã gây ảnh hưởng đến sản xuất sữa và đôi khi gây khó khăn trong việc bảo quản nguyên liệu. Đấy cũng là nguyên nhân một phần nguyên liệu trong dòng sữa Vinamilk phải nhập khẩu từ nước ngoài.