Trong điều kiện nền kinh tế nước ta hiện nay, khi nền kinh tế phát triển chưa cao, số lượng các cơ sở kinh doanh vừa và nhỏ chưa thực hiện tốt chế độ hoá đơn chứng từ vì vậy chưa đáp ứng được yêu cầu tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ nên việc tính thuế GTGT theo cả 2 phương pháp là cần thiết. Song trên thực tế, khi triển khai thực hiện luật thuế GTGT với 2 phương pháp như vậy đã thể hiện nhiều điểm không hợp lý ở chỗ: trong nhiều trường hợp cơ sở thực hiện nghiêm chỉnh chế độ hoá đơn chứng từ và sổ sách kế toán thì phải nộp thuế cao hơn những cơ sở không thực hiện đầy đủ chế độ về hoá đơn chứng từ. Ví dụ, doanh thu mua nguyên vật liệuvề sản xuất tổng giá mua 70 triệu. Trong đó nguyên vật liệu chính 60 triệu, thuế suất 10%, nguyên vật liệu phụ thuế suất 5%. Doanh nghiệp sử dụng hết số liệu đã mua để sản xuất sản phẩm trong kỳ, đồng thời cũng tiêu thụ hết số sản phẩm sản xuất. Giá trị thành phẩm bán ra là 100 triệu đồng, thuế suất thuế GTGT của hàng bán ra là 10%.
+ Nếu tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì:
Thuế GTGT đầu ra = 100 x 10% = 10 (triệu)
Thuế GTGT đầu vào = 60 x 10% + 10 x 5% = 6,5(triệu) Thuế GTGT phải nộp = 10 - 6,5 = 3,5(triệu)
+ Nếu tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì:
Thuế GTGT phải nộp = (110 - 76,5) x 10% = 3,35(triệu)
Như vậy doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp sẽ có lợi hơn,do đó không đảm bảo công bằng trong việc tính thuế và nạp thuế.
+ Trong thực tế cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp sử dụng hoá đơn bán hàng, giá bán là đã có thuế GTGT, trên hoá đơn không ghi tách riêng giá bán và thuế GTGT đầu ra. Cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT của hàng hoá dịch vụ mua vào mà phải tính vào chi
phí. Việc xác định GTGT để tính thuế không có đủ căn cứ nên phải áp dụng phương pháp tỷ lệ % trên doanh thu hoặc ấn định khoán, do đó mang tính chủ quan nên tác dụng tínhtheo phương pháp này bị hạn chế , hiệu quả thấp.