Từ thế kỷ thứ 14 dưới thời nhà Trần, nền y dược học nước ta phát triển mạnh mẽ. Viện Thái Y với nhiệm vụ chữa bệnh cho vua quan trong triều, trông nom cả việc cứu tế và y tế cho nhân dân, có mở khoa thi tuyển lựa lương y. Viện Thái Y có tổ chức đi thu thập cây thuốc và trồng thuốc. Đặc biệt trong số các danh y thời kỳ này, Tuệ Tĩnh là vị danh y tiêu biểu đã đặt nền móng cho việc xây dựng nền y dược học của dân tộc với chủ trương “Nam dược trị Nam nhân”. Ông thường nghiên cứu những cây cỏ bản địa, sưu tầm những bài thuốc giản dị thường dùng trong dân gian và kết hợp kinh nghiệm trị bệnh của Trung y để xây dựng một sự nghiệp có tính chất dân tộc, đại chúng và sáng tạo (Trương Xuân Nam, 1985).
Năm 1902, Pháp mở trường Y Dược Hà Nội để đào tạo dược sĩ và thành lập một số bệnh viện, bệnh xá ở các phủ, huyện, tỉnh, thành phố. Tuy nhiên, mảng Đông dược bị Pháp kìm hãm phát triển thông qua việc cấm nhiều dược sĩ không được mở hiệu thuốc; đồng thời chèn ép, hạn chế việc nghiên cứu cũng như khai thác dược liệu cổ truyền (Trương Xuân Nam, 1985).
Trong kháng chiến chống Pháp và Mỹ, một số xí nghiệp dược Việt Nam ra đời từ trong kháng chiến chống Pháp, các xí nghiệp này đã bào chế ra các loại vacxin trị lị, thương hàn, sốt rét và nhiều thuốc phổ biến khác. Sau năm 1954, ở miền Bắc đã có các xí nghiệp dược phẩm I, II và III sản xuất dược phẩm, đáp ứng một phần nhu cầu nguyên liệu, thuốc cho cải hai miền. (Trương Xuân Nam, 1985).
Giai đoạn 1975 – 1990, nền kinh tế Việt Nam trong giai đoạn bao cấp, ngành Y tế phải từng bước tháo gỡ khó khăn để đáp ứng được mong muốn của người dân ngày càng nhiều và càng cao về chăm sóc sức khỏe đã bị giảm sút sau 30 năm chiến tranh. Các doanh nghiệp dược chủ yếu là các doanh nghiệp nhà nước, quy mô sản xuất không đáng kể. Sản phẩm thuốc thời kỳ này khan hiếm, các tiêu chuẩn chất lượng thuốc chưa được chú trọng (Dương Thị Mai Trang, 2016).
Giai đoạn 1991 – 2006, đây là thời kỳ ngành dược bước sang giai đoạn
đổi mới, thực hiện sự chuyển đổi từ cơ chế bao cấp sang cơ chế thị trường. Các doanh nghiệp Dược phẩm nhà nước được thay đổi cơ cấu, chuyển sang cổ phần hóa, tập trung đầu tư có chiều sâu cho các hoạt động sản xuất, sản phẩm Dược được nâng cấp về chất lượng theo các quy định thực hành sản xuất thuốc tốt theo tiêu chuẩn (GMP) của Tổ chức Y tế Thế giới, sản lượng sản xuất ngày càng nhiều. Cơ quan quản lý cấp cao của ngành dược là Cục quản lý Dược được thành lập và Luật Dược (năm 2005) cũng được ban hành đã tạo điều kiện cho các doanh nghiệp dược phẩm hoạt động có định hướng.
Giai đoạn 2007 – nay, Việt Nam gia nhập WTO, bên cạnh những cơ hội
như: môi trường đầu tư, về tiếp cận công nghệ, về cơ hội thu hút vốn đầu tư thì cũng xuất hiện không ít thách thức. Ngành dược, doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam đã có những chuẩn bị và chủ động hội nhập toàn diện, sâu rộng với các nước trong khu vực và trên thế giới nhằm đảm bảo cung cấp đủ thuốc có chất lượng và an toàn. Các doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam chuyển sang cơ chế cạnh tranh bình đẳng với các doanh nghiệp trong nước và quốc tế kể từ khi nước ta chuyển sang nền kinh tế thị trường và hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng sâu rộng. Đây là giai đoạn để các doanh nghiệp dược phẩm Việt Nam có những bước chuyển mình to lớn, phát triển cả về chiều rộng và chiều sâu.