Nguyên nhân chủ quan
- Từ sau khi Khu kinh tế Nhơn Hội ra đời, trong cả nước hiện nay đã có 15 Khu kinh tế ven biển, đặc biệt là các Khu kinh tế Dung Quất, Vân Phong, Vũng Áng, Nghi Sơn có nhiều lợi thế trong đầu tư tập trung của Trung ương, trong bố trí và thu hút nhiều dự án lớn, đã làm gia tăng tính cạnh tranh trong thu hút các dự án đầu tư cũng như chia sẻ nguồn lực đầu tư của Trung ương đối với Khu kinh tế Nhon Hội. Mặt khác, cũng cần nhìn nhận hạn chế của Khu kinh tế Nhơn Hội là thiếu cảng nước sâu, hạn chế về luồng cảng, đòi hỏi về môi trường nghiêm ngặt ( cho du lịch ven biển, cho môi trường thành phố Quy Nhơn…) nên rất khó thu hút các dự án công nghiệp nặng quy mô lớn như một số Khu kinh tế khác.
Nguyên nhân khách quan
- Một số dự án được cấp Giấy chứng nhận đầu tư chậm triển khai thi công, ngoài vướng mắc trong giải phóng mặt bằng và ảnh hưởng của suy thoái kinh tế, còn do một số nhà đầu tư thiếu năng lực tài chính và kinh nghiệm triển khai dự án. Ngoài ra, tư tưởng kéo dài thời gian tận thu ti tan và thiếu tích cực trong việc chống cát bay, định giá cho thuê lại đất có kết cấu hạ tầng còn cao… của một số chủ đầu tư các khu chức năng cũng là nguyên nhân làm chậm tiến độ xây dựng và phát triên khu kinh tế.
- Dự án cảng tổng hợp, một dự án quan trọng để thúc đẩy phát triển Khu kinh tế đã chậm triển khai, một phần do năng lực của chủ đầu tư nhưng cũng có nguyên nhân Bộ Giao thông Vận tải (Cục Hàng hải) chậm trễ trong việc thực hiện dự án nạo vét luồng vào cảng.