Hình 3.4: Cây phát sinh chủng loại của 6 mẫu hải miên và các trình tự tham khảo dựa vào đoạn DNA chỉ thị trên rDNA 18S
Nghiên cứu sự phát sinh chủng loại của các mẫu hải miên đã được tiến hành dựa trên trình tự rDNA 18S của 6 mẫu hải miên nghiên cứu và các trình tự tham khảo tương ứng đã công bố trên Ngân hàng Gen quốc tế (bảng 2.5). Theo sơ đồ cây phát sinh chủng loại (hình 3.4) có thể nhận thấy các trình tự phân tích được nhóm thành 6 nhánh riêng biệt tương ứng với 6 họ theo đặc điểm hình thái. Mỗi nhánh chứa một mẫu hải miên nghiên cứu: Nhánh 1: họ Geodiidae (Erylus sp. CC48). Nhánh 2: họ Desmacellidae (Biemna variantia CC13). Nhánh 3: họ Dictyonellidae (Dictyonella pelligera CC40).Nhánh 4 : họ Mycalidae (Mycale laevis CC12).Nhánh
Geodiidae Desmacellidae Dictyonellidae Mycalidae Thorectidae Niphatidae
5: họ Thorectidae (Hyrtios eretus CC34).Nhánh 6: họ Niphatidae (Niphates sp. CC46).
Họ Dictyonellidae và Mycalidae thuộc bộ Poecilosclerida, tuy nhiên theo sơ đồ cây phát sinh chủng loại trên, họ Dictyonellidae có khoảng cách di truyền khá xa với Mycalidae và lại có vị trí gần hơn với họ Geodiidae thuộc bộ Astrophorida.
Họ Niphatidae thuộc phân lớp Ceractinomorpha cùng với bốn họ Desmacellidae, Dictyonellidae, Mycalidae và Thorectidae. Mặc dù vậy, phân tích phát sinh chủng loại dựa vào trình tự rDNA 18S cho thấy họ Niphatidae nằm riêng biệt ở nhánh cuối cùng và có khoảng cách di truyền cách xa với cả 5 nhánh còn lại.
Kết quả phân tích phát sinh chủng loại dựa vào trình tự rDNA 18S trong nghiên cứu này phản ánh sự bảo thủ ở mức độ họ trong hệ thống phân loại. Tuy nhiên, để có thể tìm hiểu sâu hơn cần nghiên cứu thêm các DNA chỉ thị khác chẳng hạn như chỉ thị trên rDNA 28S hoặc DNA ty thể để phân tích chủng loại của các mẫu hải miên.
CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận
- Tách thành công DNA tổng số từ hải miên.
- Đã nhân dòng thành công đoạn DNA chỉ thị có kích thước 559-561bp trên DNA ribosome 18S từ 6 mẫu hải miên thu thập tại Khu bảo tồn biển Đảo Cồn Cỏ tỉnh Quảng Trị. Đây cũng là nghiên cứu đầu tiên về chị thỉ phân tử 18S trên đối tượng hải miên ở Khu bảo tồn biển Đảo Cồn Cỏ.
- Kết quả phân tích trình tự nucleotide của các đoạn DNA chỉ thị đã cho thấy các mẫu hải miên nghiên cứu đều có độ tương đồng cao (99,3%-100%) với các loài tương ứng đã công bố trên Ngân hàng gen quốc tế GenBank, góp phần tạo cơ sở khoa học để ứng dụng các chỉ thị DNA trong nghiên cứu đa dạng di truyền và định loài hải miên bằng sinh học phân tử.
4.2 Kiến nghị
Tiếp tục các nghiên cứu ứng dụng chỉ thị rDNA 18S để phân tích đa dạng di truyền và hỗ trợ định loài đối với các mẫu hải miên khác thu thập ở biển Việt Nam.
TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt
1. Bộ Khoa học, công nghệ và môi trường (2001), Từ điển đa dạng sinh học và phát triển bền vững. Nhà xuất bản Khoa học và kỹ thuật, Hà Nội, Việt Nam
2. Lê Quang Hòa. Giáo trình giảng dạy: Chỉ thị phân tử (2014), Viện Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm, Đại học Bách khoa Hà nội
3. Lê Trọng Sơn (2006), Giáo trình động vật học, Nxb Huế
Tài liệu tiếng Anh
4. Azzini, F., B. Calcinai, C. Cerrano, G. Bavestrello, M. Pansini (2007),Sponges of the marine karst lakes and of the coast of the islands of Ha Long Bay (North Vietnam). In Custodio M.R. et al (ed.) Porifera Research: Biodiversity, Innovation and Sustainability.― Museo Nacional, Rio de Janeiro, p. 157-164.
5. Duffy, J.E. (1996), Species boundaries, specialization, and the radiation of sponge- dwelling alpheid shrimp, Biological Journal of the Linnean Society 58 (3): 307–324
6. Duran S, Giribet G, Turon X (2004), Phylogeographical history of the sponge Crambe crambe (Porifera, Poecilosclerida): range expansion and recent invasion of the Macaronesian islands from the Mediterranean Sea. Mol Ecol 13, 109-122
7. Gage, J. D., and Tyler, P. A. (1996), Deep-sea Biology: A Natural History of Organisms at the Deep-Sea Floor, Cambridge University Press, pp, 91–93.
8. Govindarajan AF, Halanych KM, Cunningham CW (2005), Mitochondrial evolution and phylogeography in the hydrozoan Obelia geniculata (Cnidaria). Mar Biol 146: 213-222
9. Hartman, W. D., and Goreau, T. F. (1970), Jamaican coralline sponges: Their morphology, ecology and fossil relatives, Symposium of the Zoological Society of London 25: 205–243
10. Hill M.S., Hill A.L., Lopez J., Peterson K.J., Pomponi S., (2013), Reconstruction of Family-Level Phylogenetic Relationships within Demospongiae (Porifera) Using Nuclear
Encoded Housekeeping Genes. PLoS ONE 8(1): e50437.
doi:10.1371/journal.pone.0050437
11. Hinde, R. T., (1998), The Cnidaria and Ctenophora, In Anderson, D.T, Invertebrate Zoology, Oxford University Press, pp. 28–57
12. Hooper JNA, Kennedy JA, van Soest RWM (2000), Annotated checklist of sponges (Porifera) of the South China Sea region. The Rafles Bull Zool suppl 8: 125-207
iversity, Innovation and Sustainability.― Museo Nacional, Rio de Janeiro, p. 157-164. 13. Lévi C (1961), Éponges intercotidales de Nha Trang (Viet Nam). Arch Zool Exp Gén 100: 127-150
14. McClenachan, L. (2008), Social conflict, Over-fishing and Disease in the Florida Sponge Fishery,1849–1939, In Starkey, D. J. Holm, P., and Barnard, M. Oceans Past: Management Insights from the History of Marine Animal Populations, Earthscan, Pp, 25– 27.
15. Redmond N. E., Raleigh J., van Soest R. W. M., Kelly M., Travers S. A. A., (2011), Phylogenetic Relationships of the Marine Haplosclerida (Phylum Porifera) Employing Ribosomal (28S rRNA) and Mitochondrial (cox1, nad1) Gene Sequence Data. PLoS ONE 6(9): e24344. doi:10.1371/journal.pone.0024344
16. Schmitt S, Hentschel U, Zea S, Dandekar T, Wolf M (2005), ITS-2 and 18S rRNA gene phylogeny of Aplysinidae (Verongida, Demospongiae). J Mol Evol 60: 327-336
17. Tarjuelo I, Posada D, Crandall KA, Pascual M, Turon X (2001), Cryptic species of Clavellina (Ascidiacea) in two different habitats: harbours and rocky littoral zones in the northwestern Mediterranean. Mar Biol 139: 455-462
18. Thai Quang Minh (2013), A review of the diversity of sponges (Porifera) in Viet Nam.
The Proceedings of the 2nd international workshop on marine bioresources of Vietnam, HaNoi-Vietnam, 5-6 June 2013: 109-115.
19. Uriz M. J., Turon X.,2012, Sponge ecology in the molecular era. Advances in marine biology, 6l: 345-410. doi: 10.1016/B978-0-12-387787-1.00006-4.
20. Van Soest, R.W.M; Boury-Esnault, N.; Hooper, J.N.A.; Rützler, K.; de Voogd, N.J.; Alvarez de Glasby, B.; Hajdu, E.; Pisera, A.B.; Manconi, R.; Schoenberg, C.; Janussen, D.; Tabachnick, K.R., Klautau, M.; Picton, B.; Kelly, M.; Vacelet, J.; Dohrmann, M.; Díaz, M.-C.; Cárdenas, P. (2016), World Porifera database. Accessed at http://www.marinespecies.org/porifera on 2016-01-22
21. Weaver, James C.; Aizenberg, Joanna; Fantner, Georg E.; Kisailus, David; Woesz, Alexander; Allen, Peter; Fields, Kirk; Porter, Michael J.; Zok, Frank W.; Hansma, Paul K.; Fratzl, Peter; Morse, Daniel E. (2007), Hierarchical assembly of the siliceous skeletal lattice of the hexactinellid sponge Euplectella aspergillum, Journal of Structural Biology
22. Wörheide G (1998), The reef cave dwelling ultraconservative coralline demosponge Astrosclera willeyana Lister 1900 from the Indo-Paciic. Micromorphology ultrastructure, biocalciication, isotope record, taxonomy, biogeography, phylogeny. FACIES 38: 1-88.
PHỤ LỤC
Công trình công bố liên quan tới luận văn:
1. Tran My Linh, Le Quynh Lien, Nguyen Chi Mai, Phan Minh Tuan, Le Thanh Long, Ninh Khac Ban. DNA extraction method from marine organisms for molecular analysis. Proceedings of VAST-IRD symposium on marine science, 2013, 396-402.
2. Trần Mỹ Linh, Nguyễn Chi Mai, Lê Quang Trung, Vũ Hương Giang, Lê Quỳnh Liên, Lê Thành Long, Phan Minh Tuấn, Nguyễn Tường Vân, Ninh Khác Bản. Nghiên cứu trình tự đoạn DNA chỉ thị trên gen Ribosome 18S của một số loài hải miên (Porifera: Demospongiae) tại Khu bảo tồn biển Đảo Cồn Cỏ, tỉnh Quảng Trị. Tạp chí sinh học, 2014, tập 36 – số 1, 65-72.