Một trong những khó khăn chủ yếu của Việt Nam là vấn đề về cơ sở hạ tầng, bao gồm đường truyền hẹp, khả năng truy cập Internet hạn chế do chi phí cao, mức phổ biến máy tính trong dân chúng chưa cao do thu nhập thấp và thiếu sự cạnh tranh bình đẳng trong ngành Bưu chính viễn thông. Trong đó, trở ngại dễ thấy nhất là nước ta còn thiếu đường truyền trực tiếp (leased line). Hiện nay mức giá sử dụng đường truyền trực tiếp của Việt Nam khá cao so với các nước khác. Hơn nữa, Chính phủ cũng khó có thể đưa ra quyết định mở rộng đường truyền truy cập thông tin do không thể kiểm soát nổi những loại thông tin nào cần được ngăn chặn.
2.3.2.4 Quy mô nhân lực chưa đáp ứng được yêu cầu của thương mại điện tử
Ở Việt Nam, việc sử dụng công nghệ thông tin tại các doanh nghiệp còn ở trình độ trung bình. Sở dĩ có tình trạng chất không theo kịp lượng trong phát triển nguồn nhân lực trong những năm qua, có phần không nhỏ thuộc về kinh phí đầu tư. Thực tế các cơ sở đào tạo vừa lo đào tạo, vừa lo tìm kiếm nguồn kinh phí nên kinh phí đầu tư riêng cho ngành công nghệ thông tin còn nhỏ giọt, đủ để tồn tại chứ chưa thể nói đầu tư đến tầm chiến lược.
Hơn nữa, lĩnh vực đào tạo và nghiên cứu phát triển còn yếu, chưa hỗ trợ mạnh cho sản xuất. Việt Nam có tiềm năng về con người nhưng chưa tận dụng được lợi thế này. Có thể nhận thấy đào tạo thương mại điện tử tại các trường đại học và cao đẳng đã phát triển khá nhanh những năm gần đây. Tuy
nhiên, còn khá nhiều vấn đề cần phải quan tâm giải quyết để đào tạo chính quy thực sự phát triển cả về số lượng và chất lượng. Ví dụ: Mặc dù các doanh nghiệp có nhu cầu cao đối với cán bộ thương mại điện tử nhưng chức danh và vị trí công việc này chưa được xác định rõ cũng như chưa được thừa nhận rộng rãi, vì vậy các sinh viên có xu hướng đăng ký học chuyên ngành quản trị kinh doanh, công nghệ thông tin... hơn là chuyên ngành thương mại điện tử để dễ tìm việc sau khi tốt nghiệp. Điều này dẫn tới hậu quả: Một mặt, các trường khó đáp ứng yêu cầu nguồn nhân lực thương mại điện tử cho doanh nghiệp, mặt khác các trường sẽ khó đầu tư lớn về cơ sở vật chất và giảng viên cho ngành đào tạo này. Một vấn đề đáng chú ý khác là hầu như chưa có trường nào triển khai hình thức đào tạo trực tuyến (e-Learning) cho các ngành học, trong đó có thương mại điện tử. Đào tạo trực tuyến có rất nhiều lợi ích và phát triển mạnh trên thế giới trong những năm gần đây và bản thân nó cũng là một hoạt động thương mại điện tử cụ thể. Đào tạo trực tuyến để giảng dạy thương mại điện tử có thể có nhiều lợi ích to lớn cho cả hoạt động đào tạo và kinh doanh dịch vụ.