1. Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về giao thông đường thuỷ nội địa.
2. Bộ Giao thông vận tải chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về giao thông đường thuỷ nội địa. 3. Bộ Công an chủ trì phối hợp với Bộ Giao thông vận tải, Bộ Quốc phòng, Bộ Thuỷ sản thực hiện các biện pháp bảo vệ trật tự, an toàn giao thông đường thuỷ nội địa; tổ chức lực lượng Cảnh sát giao thông đường thuỷ tuần tra, kiểm soát, xử lý hành vi vi phạm pháp luật về giao thông đường thuỷ nội địa đối với người, phương tiện tham gia giao thông đường thuỷ nội địa theo quy định của pháp luật; thống kê, cung cấp dữ liệu về tai nạn giao thông đường thuỷ nội địa.
4. Bộ Thuỷ sản chủ trì phối hợp với Bộ Giao thông vận tải trong việc xây dựng quy hoạch mạng lưới cảng cá, bến cá, khu vực hoạt động thuỷ sản trên đường thuỷ nội địa; chỉ đạo thực hiện các biện pháp bảo đảm an toàn giao thông đối với tàu cá hoạt động trên đường thuỷ nội địa.
5. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì phối hợp với Bộ Giao thông vận tải và các bộ, ngành liên quan khi xây dựng quy hoạch hệ thống đê điều, công trình thuỷ lợi và kế hoạch phòng, chống lụt, bão có liên quan đến giao thông đường thuỷ nội địa; chỉ đạo thực hiện việc đặt, duy trì báo hiệu đường thuỷ nội địa đối với các công trình thuỷ lợi và thanh thải kịp thời các công trình thuỷ lợi không còn sử dụng nhưng ảnh hưởng tới luồng và hành lang bảo vệ luồng.
6. Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì phối hợp với Bộ Giao thông vận tải trong việc xây dựng quy hoạch phát triển lưu vực sông, quản lý khai thác tài nguyên có liên quan đến luồng và hành lang bảo vệ luồng, bảo đảm an toàn giao thông, bảo vệ môi trường trên đường thuỷ nội địa.
7. Bộ, cơ quan ngang bộ trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình có trách nhiệm phối hợp với Bộ Giao thông vận tải thực hiện quản lý nhà nước về giao thông vận tải đường thuỷ nội địa.