Hàng năm, Bộ Nội vụ đều thành lập các đoàn Thanh tra hành chính đối với các đơn vị trực thuộc Bộ về việc thực hiện quy định pháp luật về PCTN. Trong thời gian từ 2006 đến 2017 Bộ Nội vụ đã tiến hành 08 cuộc (Cơ quan Thường trực của Bộ Nội vụ tại thành phố Hồ Chí Minh - 01 cuộc năm 2006; Trường Đại học Nội vụ - 01 cuộc năm 2008, Cục Văn thư và Lưu trữ Nhà nước 02 cuộc năm 2009 và 2012, Trường Đào tạo, bồi dưỡng CBCC - 01 cuộc năm 2013, Ban Tôn giáo chính phủ - 01 cuộc năm 2014, Viện Khoa học tổ chức nhà nước - 01 cuộc năm 2016, Học viện Hành chính quốc gia - 01 cuộc năm 2017. Qua đó, công tác thanh tra, kiểm tra còn chưa thực hiện đều (trong các năm do năm 2007 và 2015 chưa tiến hành tại đơn vị nào). Như vậy, công tác Thanh tra về PCTN của Bộ Nội vụ mới chỉ đạt 66,7% % so với chỉ tiêu đề xuất mỗi năm 01 cuộc thanh tra,
Kết quả thanh tra đã được công khai và kiểm tra, thực hiện nghiêm túc. Qua thanh tra, một số tồn tại đã được chỉ ra, như việc sử dụng đất không đúng mục đích, tự ý xây dựng đầu tư Dự án hạ tầng; hạn chế trong quản lý tài sản, công tác xây dựng và thực hiện các quy chế, công tác đào tạo, việc quản lý, xây dựng đề án, đề tài khoa học về tu bổ, phục hồi tài liệu lưu trữ, công tác cán bộ.
Bộ trưởng Bộ Nội vụ cũng đã ban hành các giải pháp để khắc phục, đảm bảo công tác PCTN được thực hiện đúng quy định của pháp luật. Đặc biệt, Bộ Nội vụ đã xử lý kỷ luật 04 công chức; yêu cầu 11 công chức của Bộ hoàn trả số tiền đã nhận trái pháp luật là 1.619.000.000đ; yêu cầu Ban Quản lý dự án ADB và đơn vị mở lớp hoàn trả hơn 450.000.000đ liên quan đến việc đào tạo
không đúng. Tính theo tỉ lệ phần trăm, số tiền này chiếm 0.0023% ngân sách của Bộ Nội vụ trong năm [21]
Mở rộng ra đối với hoạt động thanh tra, tính từ năm 2016 đến 2018, Thanh tra Bộ đã tiến hành 48 cuộc thanh tra. Trong đó thanh tra chuyên ngành nội vụ là 45 cuộc tại các Bộ, ngành Trung ương và các địa phương; thanh tra hành chính là 03 cuộc. Trong đó riêng từ năm 2017 đến hết tháng 6/2018, Bộ Nội vụ đã tăng cường tiến hành thanh tra, kiểm tra, thực hiện 15 cuộc thanh tra theo kế hoạch, 05 cuộc thanh tra đột xuất và 04 cuộc kiểm tra đột xuất liên quan đến việc thực hiện quy định pháp luật về tuyển dụng, bổ nhiệm công chức lãnh đạo, quản lý [3].
Bên cạnh chức năng thanh tra, Thanh tra Bộ còn chủ động, tham gia với các cơ quan, đơn vị khác của Bộ tiến hành kiểm tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về lĩnh vực mà Bộ Nội vụ quản lý, theo sự chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và kiểm tra việc thực hiện Kết luận thanh tra của các Bộ, ngành, địa phương đã được Bộ Nội vụ thanh tra trước đó. Cụ thể, trong giai đoạn 2016 – 2018, Thanh tra Bộ đã thực hiện 31 cuộc kiểm tra, trong đó 05 cuộc tại các Bộ, ngành Trung ương, 26 cuộc tại các địa phương.
Qua thanh tra, kiểm tra, một số đơn vị thuộc Bộ còn thực hiện chưa phù hợp quy định pháp luật về công tác cán bộ, tài chính và đã được Bộ trưởng Bộ Nội vụ phê bình, yêu cầu thực hiện nghiêm túc. Tuy nhiên, không có trường hợp vi phạm quy định pháp luật về phòng, chống tham nhũng.