Các điều kiện lên men được nghiên cứu thay đổi nhằm tăng cường quá trình tổng hợp DHA ở Schizochytrium. Trong quá trình thử nghiệm để tối ưu sản lượng DHA, các thông số hoá học (nồng độ khác nhau của nguồn cácbon và nitơ) và các thông số vật lý (pH ban đầu, nhiệt độ, thời gian nuôi, tốc độ và hình dạng cánh khuấy trong bể lên men) cần phải điều chỉnh cho thích hợp (Gupta và cs, 2012; Raghukumar và cs, 2008).
Quá trình tích luỹ lipit phụ thuộc vào sinh trưởng của tảo đã đạt được nhờ việc đưa nguồn nitơ dưới dạng amoni (300-400 mg/l) vào môi trường nuôi ở hệ thống nuôi “fed batch” đối với chủng Schizochytrium sp. G13/2S. Dưới điều kiện nuôi trồng nêu trên tốc độ sinh trưởng của chủng đạt cao nhất nhưng khả năng tích
lũy lipit của nó lại không bị ảnh hưởng (Ganuza và cs, 2008). Các kết quả nghiên cứu thu được nêu trên đã cho thấy sự tích luỹ lipít đã xảy ra khi môi trường lên men có giới hạn về nitơ. Một quy trình lên men gồm hai giai đoạn đối với S. limacinum
SR21 đã được thực hiện cho phép tối ưu các thông số đối với hai quá trình sinh trưởng và tích luỹ lipít một cách tách biệt (Chi và cs, 2009). Ngoài ra, kiểu lên men liên tục được thiết kế cho nghiên cứu tích luỹ lipit ở chủng Schizochytrium sp. G13/2S với nồng độ glucose từ 7 đến 40 g/l và glutamate từ 4 đến 6 g/l (Ganuza & Izquierdo, 2007). So với điểm hạn chế của lên men theo mẻ có quá trình tích luỹ lipit bị ngừng lại do sinh trưởng của tế bào bị cản trở thì kiểu lên men này lại giúp tăng cường sự tích luỹ lipit.
Thí dụ điển hình về sản xuất công nghiệp DHA đã được Bailey và cộng sự (2003), Barclay và cộng sự (2005) mô tả. Quá trình sản xuất DHA nêu trên gồm hai pha: pha sản xuất sinh khối và tăng cường tích lũy lipit. Trong pha đầu, sinh khối được tăng lên nhờ việc cung cấp nguồn cácbon và nitơ theo kiểu lên men “fed batch”. Hàm lượng glucose được giữ ở mức không đổi 7 g/l sử dụng siro ngô (corn syrup). Nitơ được cung cấp ở dạng (NH4)2SO4 và NH4OH. Khi đó, NH4OH ngoài việc cung cấp N còn có vai trò như một chất đệm làm pH của môi trường không dịch chuyển về phía axít khi có mặt của (NH4)2SO4. Trong pha thứ 2, chỉ có cácbon được cung cấp nhằm tăng cường sự tích lũy lipit. Ngược lại với thông báo trước đây rằng việc sinh tổng hợp PUFA đòi hỏi sự có mặt của oxi, Bailey và cộng sự (2003) đã cho thấy hàm lượng oxy hoà tan thấp thực sự có lợi cho việc sản xuất DHA ở
Schizochytrium. Vì vậy, trong thực tế hàm lượng oxy hoà tan được duy trì ở mức
bão hoà 4-8% trong pha sản xuất sinh khối và ở mức 1% hoặc nhỏ hơn trong pha sản xuất DHA. Sử dụng quy trình này, Martek (2003) đã sản xuất được 170-210 g sinh khối khô/l với 50% (80 g/l) là lipit, có chứa ít nhất 50% là DHA. Vì vậy, sản lượng DHA đã đạt tới 40 g/l môi trường. Hơn thế nữa, việc sử dụng các muối không phải ở dạng muối chloride (Na2SO4), vừa đảm bảo cho Schizochytrium sp. có thể sinh trưởng tốt, vừa tránh được sự ăn mòn các thiết bị. Bên cạnh đó, Na2SO4 cũng còn có tác dụng làm giảm sự vón cục của các tế bào (Raghukumar, 2008).