Về cơ bản các thành viên có quyền tự thoả thuận với nhau về việc quản lý điều hành công ty. Theo quy định của luật doanh nghiệp cơ cấu tổ chức quản lý của công ty hợp danh do các thành viên hợp danh thoả thuận trong điều lệ công ty. Tuy
nhiên việc tổ chức quản lý công ty hợp danh phải tuân thủ các quy định về 1 số vấn đề cơ bản sau:
Hội đồng thành viên: là cơ quan quyết định cao nhất của Công ty bao gồm tất cả các thành viên hợp danh. Hội đồng thành viên có quyền quyết định tất cả các hoạt động của Công ty, khi họp hội đồng thành viên các thành viên hợp danh có quyền biểu quyết ngang nhau.
* Quyết định những vấn đề sau phải theo nguyên tắc nhất trí (được tất cả các thành viên hợp danh chấp thuận):
+ Cử giám đốc Công ty. + Tiếp nhận thành viên.
+ Khai trừ thành viên hợp danh. + Bổ sung sửa đổi điều lệ Công ty. + Tổ chức lại, giải thể Công ty.
+ Hợp đồng của Công ty hợp danh với thành viên hợp danh, với người có liên quan của thành viên hợp danh.
* Quyết định những vấn đề còn lại phải được đa số thành viên hợp danh chấp thuận.
Tất cả các quyết định của HĐTV sẽ được ghi vào biên bản và phải được lưu giữ tại trụ sở chính của Công ty.
Giám đốc Công ty: do HĐTV cử trong số thành viên hợp danh
Nhiệm vụ:
+ Phân công, điều hoà và phối hợp công việc của các TVHD. + Điều hành công việc trong Công ty.
+ Thực hiện các công việc khác theo uỷ quyền của thành viên hợp danh.