Bất kỳ bản Contiki nào cũng gồm 7 thư mục : Apps, Core, Cpu, Docs, Example, Platform và Tools.
Apps: chứa các tập tin nguồn của các tiện ích phát triển cho Contiki. Chúng có sẵn để sử dụng và bao gồm các thiết lập cơ bản của các ứng dụng cho mạng cảm biến không dây . ứng dụng tiêu biểu trong thư mục này là trình duyệt web, máy chủ Web, FTP, email, và máy tính.
Core: như tên gọi cho thấy, nó chứa các hạt nhân của hệ điều hành Contiki. Nó chứa khoảng 300 file, gần một nửa trong số đó là tập tin tiêu đề chứa các khai báo và còn lại là các tập tin nguồn chứa cài đặt.
Cpu: chứa bộ xử lý cụ thể việc thực hiện các chức năng khác nhau được sử dụng trong hệ điều hành.
Docs: được sử dụng trong việc chuẩn bị tài liệu cho Contiki. Nó chứa thông tin sẽ được sử dụng bởi một hệ thống tài liệu điển hình như Doxygen.
Examples: chứa các chương trình ví dụ đơn giản bắt đầu với “Hello-world”, mà phục vụ như là bước đầu tiên hướng tới Contiki lập trình.
Platform: bao gồm thông tin cụ thể liên quan đến nền tảng Node cảm biến như ESB, Sky, vv "native" là một nền tảng đặc biệt là xây dựng một hệ thống toàn bộ Contiki như một chương trình chạy trên hệ thống phát triển.
Tools: là thư mục mà các công cụ phần mềm đặc biệt được lưu trữ. 'Cooja' là một Java dựa trên mô phỏng cho Contiki.Thư mục này cũng chứa các công cụ nền tảng cụ thể. ví dụ điển hình là các công cụ cho Sky.