Theo tinh thần Phật giáo, tất cả các pháp đều bình đẳng, trong ưu có khuyết trong khuyết có ưu, nó là hai mặt của mọi sự mọi việc, nó vừa làm nên cho nhau mà cũng vừa huỷ diệt nhau. Trong những ưu điểm hàm chứa khuyết điểm, ưu điểm càng cao thì khuyết điểm càng lớn. Phật giáo vùng đất Bến Tre tồn tại hơn 100 năm, bên cạnh những thành tựu nổi bật cũng có những hạn chế nhất định, cụ thể như sau:
Những hạn chế nổi bật: Tuy hiện nay không có nhiều tư liệu đánh giá về các mặt hạn chế của Phật giáo trong thế kỷ XVIII, XIX, nhưng qua khảo cổ những hiện vật còn lưu giữ tại chùa cho thấy vào thế kỷ XIX, tại Bến Tre các chùa có một số hạn chế nhất định như: chùa chỉ làm bằng cây nhà lá vườn không thể tồn tại lâu dài; Tăng, Ni, Phật tử có nơi, có lúc không đoàn kết, tạo nên độ chênh lệch giàu nghèo giữa các chùa khá xa; Tăng, Ni, Phật tử học vấn không cao, không đồng đều.
Hạn chế trên có nguyên nhân khách quan và chủ quan như sau:
Chùa chỉ làm bằng cây nhà lá vườn không thể tồn tại lâu dài vì vùng đất Bến Tre đồng bằng, trũng thấp, chỉ có các loại cây vườn thân gỗ như: sao, dầu u, vú sữa, tràm. Khi người dân vùng ngũ Quảng vào khai hoang lập ấp phần nhiều là dân nghèo di cư lập nghiệp, với lòng tin Phật họ tự lập chùa bằng cây lá vốn sẵn có, tuy tuổi thọ không lâu nhưng dễ làm và nhanh, cứ hư cái cũ thì làm cái mới, tốn chẳng bao nhiêu công sức là xong. Mặt khác, dầu người dân có muốn xây dựng chùa gỗ quý, xi măng cốt sắt kiên cố cũng không làm được, vì bối cảnh xã hội Bến Tre lúc bấy giờ chỉ là giai đoạn khai hoang lập ấp, người dân di cư không phải là thợ mộc chuyên nghiệp. Sau năm 1900, kinh tế người dân phát triển, có nhiều điền chủ, phú hộ họ ủng hộ trùng tu, xây dựng chùa khang trang tráng lệ bằng gỗ quý từ rừng núi đem về như cây: căm xe, gõ, thao lao, dầu núi... thậm chí xây bằng gạch nung, gạch block, những ngôi chùa sau kế thừa những ngôi chùa trước, như: chùa Viên Giác thành phố Bến Tre, chùa Huệ Quang huyện Giồng Trôm, chùa Gia Hưng huyện Mỏ
Cày Bắc, chùa Phước Sơn huyện Mỏ Cày Nam, chùa Thắng Quang huyện Ba Tri, chùa Tân Lâm huyện Bình Đại... như thế tuổi thọ đến nay trên dưới 100 năm, gắn liền với những tên tuổi Phật tử hảo tâm như: bà Ba Ngỡi (Lê Thị Nghĩa: 1855-1933) thôn Tân Hào tổng Bảo Phước hạt Bến Tre, ông Hương Liêm (Huỳnh Ngọc Khiêm: 1843-1927) thôn Đại Điền tổng Minh Phú hạt Bến Tre...
Chính vì đặc điểm trên mà 47 ngôi chùa thành lập trước năm 1900 hiện nay không còn giữ được hình dáng của một ngôi chùa ban đầu do người dân bản xứ tạo nên, cũng không còn di vật làm chứng, cũng có nghĩa là không biết được trình độ, tri thức, kỹ thuật của người dân lúc bấy giờ, mà những chùa cổ hiện nay còn thấy là sự thừa kế những ngôi chùa trước.
Về nguyên nhân Tăng, Ni, tự viện có nơi, có lúc không gắn kết mật thiết với nhau: căn cứ vào kiến trúc, cổ vật trang trí nội thất hiện còn của 47 ngôi chùa thành lập trong thế kỷ XVIII, XIX cho thấy, có sự phân cấp giàu nghèo khác nhau khá xa, có chùa hiện nay không còn một cổ vật gì, có chùa hiện nay còn rất nhiều cổ vật, chứng tỏ các ngôi chùa thời ấy tuy cùng chung một Phật giáo nhưng không có sự chia sẻ cho nhau, điều này thể hiện các chùa không đoàn kết và hẳn là còn bảo thủ cá nhân. Đặc biệt, phân chia tông phong pháp phái, vùng miền rất rõ, như: vùng Tây cù lao Bảo thì theo phả hệ chùa Hội Tôn với những vị Tăng nổi bật như: Hoà thượng Tổ Trí Khánh Hưng, Tiên Tịnh Bảo Chất, Tiên Thiện Từ Lâm, Minh Chánh Quảng Giáo, Minh Phước Tư Trung, Minh Tịnh Bảo Thanh, Như Ưng Tâm Định...; vùng Bắc cù lao Minh thì theo phả hệ chùa Long Phước (Hòa thượng Liễu Khiêm Chí Thành: Minh Khiêm Hoằng Ân) với những vị Tăng nổi bật như: Hoà thượng Minh Định Vạn An, Minh Thành Tâm Hương, Hòa thượng Minh Phước Quảng Vân...; vùng Đông cù lao Bảo và vùng Nam cù lao Minh thì theo phả hệ chùa Long Khánh với những vị Tăng nổi bật, như: Hòa thượng Thanh Long Chấn Bửu (Tâm Lương Phước Huệ), Thanh Lương Khánh Phong, Thanh Trương Huệ Oai... Qua đó cho thấy, cuối thế kỷ XIX, tuy Tăng, Ni, tự viện Phật giáo có phát triển về số lượng và chất lượng nhưng chỉ là những mảnh rời rạc, không có tính đoàn kết chặt chẽ [53, tr. 53].
Tăng, Ni, Phật tử học vấn không cao, không đồng đều: Trong thế kỷ XVIII, XIX có 78 vị Tăng, Ni được biết đến qua linh vị và khẩu truyền tôn kính tại 47 tự
viện trong tỉnh, trong đó có 41/114 vị được biết chính xác ngay thời điểm 1903 [50, tr. 61]. Với những gì còn lưu lại qua hiện vật và khẩu truyền cho thấy phần nhiều Tăng, Ni trình độ học vấn không cao, chủ yếu học kinh kệ tụng niệm bái sám hàng ngày để giữ ý tu hành tại chùa. Một nguyên nhân là, lúc bấy giờ Phật giáo Nam bộ nói chung, Bến Tre nói riêng vẫn còn sử dụng kinh điển bằng chữ Hán, rất ít người đọc, hiểu được nghĩa lý rõ ràng, nên Tăng, Ni có muốn học cũng khó. Việc năm 1895 Hoà thượng Khánh Hoà, năm 1897 Hoà thượng Khánh Thông đến chùa Kim Cang ở Tân An (Long An) học với Hoà thượng Minh Lương Chánh Tâm [72, tr. 11], Hoà thượng Thục Hảo Tâm Thông đến chùa Bửu Lâm ở Mỹ Tho (Tiền Giang) học với Hoà thượng Chánh Hậu Quảng Ân [69]... là những minh chứng. Năm 1903 Hội Nghiên cứu Đông Dương xác định: “Trong các chùa của các làng lớn có các sư sãi trụ trì và tụng kinh, không có vị nào thuộc hàng chức sắc hay phẩm trật như tại một số tỉnh khác. Các sư sãi cư trú trong tỉnh đều ngang cấp với nhau, và chỉ hơn nhau về tuổi tác” [50, tr. 67]. Qua đó cho thấy suốt hơn 100 năm tại Bến Tre Tăng, Ni chỉ ngang nhau không có vị Tăng, Ni nào, chùa nào có tầm vóc vượt trội, thế thì các thế hệ kế tiếp muốn thông hiểu kinh điển phải đi tham học nơi khác.
Trên đây là ba hạn chế nổi bật nhất của Phật giáo tỉnh Bến Tre tính đến cuối thế kỷ XIX. Thực tiễn này cũng đặt ra nhiệm vụ cho Phật giáo nơi đây: để tồn tại và phát triển, để tiếp tục bám rễ vào mạng mạch văn hóa, tôn giáo dân tộc, Phật giáo tỉnh Bến Tre cần chuyển mình và tạo ra những thay đổi nếu không muốn bị lụi dần và bị tôn giáo khác xâm thực. Điều này đã thôi thúc các Tăng sĩ trẻ tại Bến Tre và họ đã là nhân tố đi đầu trong công cuộc chấn hưng Phật giáo và đồng hành cùng dân tộc.