- Đối với các trường hợp nêu tại điểm 1, 2, 3, 11, 12 và 13 Mục I Phần E Thông tư này thì bộ phận kiểm hóa hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu xác nhận, bộ phận tính thuế của cơ quan hải quan kiểm tra lại và làm thủ tục hoàn lại thuế. Cục Hải quan địa phương xem xét và ra quyết định hoàn thuế.
Số thuế nhập khẩu được hoàn sẽ xử lý theo trình tự như sau:
+ Được khấu trừ vào tiền thuế, tiền phạt, các khoản thu khác mà đối tượng nộp thuế còn nợ ngân sách;
+ Bù trừ vào tiền thuế, các khoản thu khác của lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu lần sau liền kề theo đề nghị của đối tượng nộp thuế;
+ Hoàn trả từ ngân sách Nhà nước thì Cục Hải quan địa phương đề
nghị Bộ Tài chính (Vụ ngân sách Nhà nước) trực tiếp hoàn lại số tiền thuế cho đối tượng được hoàn theo quyết định hoàn thuế của Cục Hải quan địa phương.
- Đối với các trường hợp nêu tại điểm 4, 5 (5.2.1 và 5.2.3), 6 và 9Mục I Phần E Thông tư này, cơ quan hải quan khi thu thuế được gửi vào Mục I Phần E Thông tư này, cơ quan hải quan khi thu thuế được gửi vào một tài khoản riêng của Cục Hải quan địa phương tại Kho bạc. Khi nhận được công văn yêu cầu hoàn thuế của đối tượng được hoàn thuế, Cục Hải quan địa phương căn cứ vào hồ sơ quy định để kiểm tra, xem xét và ký quyết định hoàn thuế (hoặc không thu thuế) và thực hiện việc hoàn lại
thuế cho đối tượng được hoàn từ tài khoản tiền gửi nói trên tại Kho bạc. Các trường hợp nêu tại điểm 5.2.2, 5.2.4, 5.2.5, 5.2.6, Cục Hải quan địa phương căn cứ vào hồ sơ theo quy định để kiểm tra, xem xét và ký quyết định hoàn thuế (hoặc không thu thuế) và làm thủ tục hoàn lại tiền thuế nhập khẩu theo qui định hiện hành của Bộ Tài chính.