Bên cạnh những kết quả đã đạt được thì hoạt động giải quyết đối với tranh chấp HĐTD ngân hàng của TAND cấp cao tại Đà Nẵng còn chưa thực sự có hiệu quả do vẫn còn nhiều tồn tại, hạn chế, đó là:
Thứ nhất, tình trạng kháng cáo đối với các bản án vẫn còn nhiều do không ít bản án, quyết định được tuyên trong các phiên tòa xét xử phúc thẩm của TAND cấp cao tại Đà Nẵng có nội dung khác biệt với bản án, quyết định của vụ án ở cấp xét xử sơ thẩm khiến các bên đương sự hoang mang, không đồng ý với phán quyết của tòa án, từ đó tiếp tục kháng cáo, kéo dài quá trình giải quyết tranh chấp gây tốn thời gian và chi phí cho việc tiến hành thủ tục tố tụng. Bên cạnh đó cũng còn những bản án bị hủy, bị sửa, có những sai sót trong quá trình xét xử được thống kê rút kinh nghiệm sau khi vụ việc đã giải quyết xong.
Thứ hai, trong quá trình giải quyết tranh chấp HĐTD ngân hàng, nhiều thẩm phán nghiên cứu tài liệu, chứng cứ không đầy đủ, rõ ràng, đánh giá chứng cứ không đúng với sự thật khách quan, thậm chí còn xác định sai tư cách tố tụng của đương sự hoặc triệu tập không đầy đủ những người bắt buộc phải tham gia phiên toà dẫn đến nhiều phiên toà vi phạm thủ tục tố tụng bị hoãn hoặc bản án được tuyên bị huỷ vì vi phạm nghĩa vụ tố tụng.
Thứ ba, công tác thụ lý và giải quyết theo thủ tục phúc thẩm còn chậm, nhiều bản án phúc thẩm giải quyết chưa thoả đáng, việc phát hiện những thiếu sót của toà án sơ thẩm chưa tiến hành kịp thời để đưa ra những giải pháp khắc phục. Vẫn còn những bản án phúc thẩm bị khiếu nại còn. Việc tố tụng chậm, sai, phiền hà đã ảnh hưởng tiêu cực tới các bên trong HĐTD như việc không thu hồi được vốn cho vay ảnh hưởng tới hoạt động của TCTD, việc tranh chấp
kéo dài có thể làm cho bên vay phải trả thêm những khoản lãi phát sinh ảnh hưởng đến việc trả nợ.
Thứ tư, đội ngũ cán bộ TAND cấp cao hiện nay còn thiếu về số lượng và còn chưa đảm bảo về năng lực, điều này ảnh hưởng ít nhiều đến chất lượng giải quyết các tranh chấp.
Thứ năm, việc ứng dụng công nghệ thông tin và nâng cấp cơ sở vật chất vào hoạt động của toà án còn nhiều hạn chế. Quá trình giải quyết các tranh chấp còn mất nhiều thời gian, nhiều loại chi phí, nhiều đầu mối trung gian trong khi đó lĩnh vực tài chính là lĩnh vực nhạy cảm yêu cầu giải quyết nhanh gọn để các bên có thể nhanh chóng tiến hành hoạt động trở lại bình thường.