Mục đích, nhiệm vụ của hoạt động tố tụng hình sự theo Điều 2 của BLTTHS năm 2015 là: “... bảo đảm phát hiện chính xác và xử lý công minh, kịp thời mọi hành vĩ phạm tội, phòng ngừa, ngăn chặn tội phạm, không để lọt tội phạm, không làm oan người vô tội; góp phần bảo vệ công lý, bảo vệ quyền con người, quyền công dân, bảo vệ chế độ xã hội chủ nghĩa, bảo vệ lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân, giáo dục mọi người ý thức tuân theo pháp luật, đấu tranh phòng ngừa và chống tội phạm.”.
Như vậy, có thể thấy một trong những mục đích của hoạt động tố tụng hình sự ở ta đó là bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của công dân. Về Chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020, Bộ Chính Trị đã đưa ra yêu cầu trong Nghị quyết 49 là: “Các cơ quan tư pháp phải thật sự là chỗ dựa của nhân dân trong việc bảo vệ công lý, quyền con người, đồng thời phải là công cụ hữu hiệu bảo vệ pháp luật và pháp chế xã hội chủ nghĩa, đấu tranh có hiệu quả với các loại tội phạm và vi phạm”. [4].
Trong giai đoạn điều tra thì CQĐT và các cơ quan khác được giao một số hoạt động điều tra, theo quy định của BLTTHS có trách nhiệm chứng minh tội phạm, người phạm tội và những tình tiết khác có ý nghĩa đối với việc giải quyết vụ án hình sự, làm cơ sở cho các giai đoạn tố tụng tiếp theo. Đồng thời, một trong những nhiệm vụ của CQĐT là xác định nguyên nhân điều kiện phạm tội và kiến nghị các cơ quan, tổ chức hữu quan áp dụng biện pháp phòng ngừa. Khi thực hiện hoạt động chứng minh, pháp luật quy định cho CQĐT được tiến hành các biện pháp hợp pháp, bao gồm điều tra theo tố tụng và theo nghiệp vụ điều tra. Các biện pháp điều tra trong TTHS khi được áp dụng sẽ phần nào ảnh hưởng đến quyền con người, quyền và và lợi ích hợp pháp của công dân. Do đó, để bảo đảm quyền con người và quyền công dân, Luật TTHS đã quy định chặt chẽ căn cứ, thẩm quyền, thủ tục áp dụng các biện pháp này. Nghị quyết 96/2019/QH14 của Quốc hội về công tác phòng chống tội phạm đã nêu rõ “Nghiêm cấm bức cung, dùng nhục hình. Tăng cường các biện pháp phòng, chống oan sai, chống bỏ lọt tội phạm và người phạm tội. Tích cực thực hiện các giải pháp chống lạm dụng bắt người, tạm giữ, tạm giam. Bảo đảm xét xử các vụ án hình sự nghiêm minh, đúng pháp luật, không để xảy ra oan, sai, bỏ lọt tội phạm” [23]. Như vậy, khi giải quyết vụ án hình sự, CQĐT phải thực hiện tốt việc bảo vệ quyền con người, quyền công dân. Khi đánh giá chứng cứ kết luận về vụ án, phải dựa trên nguyên tắc suy đoán vô tội, tuân thủ chặt chẽ quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, cũng cần tăng cường vai trò của Kiểm sát viên trong thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra và các quyết định của CQĐT. Thực hiện tốt chức năng này nhằm đảm bảo cho quá trình khởi tố, điều tra được nhanh chóng, phát hiện và xử lý công minh, kịp thời mọi hành vi phạm tội, đáp ứng yêu cầu “tính nhân đạo, hướng thiện và bảo vệ quyền con người trong việc xử lý người phạm tội”.