1. Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc khai thác tài nguyên nộp thuế theo phương pháp khoán (gọi chung là hộ nộp thuế khoán) bao gồm:
1.1. Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không có đăng ký kinh doanh hoặc không phải đăng ký kinh doanh, không đăng ký thuế, đã được cơ quan thuế đôn đốc nhưng quá thời hạn theo thông báo đôn đốc của cơ quan thuế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh vẫn không thực hiện đăng ký thuế.
1.2. Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thực hiện chế độ kế toán hoá đơn, chứng từ.
1.3. Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thực hiện nộp tờ khai thuế theo quy định.
1.4. Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có mở sổ sách kế toán, nhưng qua kiểm tra của cơ quan thuế thấy thực hiện không đúng chế độ kế toán, không thực hiện đúng và đầy đủ hoá đơn, chứng từ khi mua bán hàng hoá, dịch vụ, kê khai thuế không chính xác, trung thực; cơ quan thuế không thể căn cứ vào sổ sách kế toán, hoá đơn, chứng từ để xác định số thuế phải nộp phù hợp với thực tế kinh doanh.
1.5. Hộ gia đình, cá nhân khai thác tài nguyên thủ công, phân tán, lưu động, không thường xuyên.
2. Loại thuế, phí áp dụng theo phương pháp khoán bao gồm: 2.1. Thuế tiêu thụ đặc biệt;
2.2. Thuế tài nguyên; 2.3. Thuế giá trị gia tăng;
2.4. Thuế thu nhập doanh nghiệp;
2.5. Phí bảo vệ môi trường đối với hoạt động khai thác khoáng sản.
3. Hồ sơ khai thuế khoán được nộp cho chi cục thuế quản lý địa phương nơi có hoạt động kinh doanh hoặc khai thác tài nguyên.
3.1. Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế khoán khai theo mẫu Tờ khai số 01/THKH ban hành kèm theo Thông tư này.
3.2. Hộ, cá nhân khai thác tài nguyên, khoáng sản nộp thuế khoán khai theo mẫu Tờ khai số 02/THKH ban hành kèm theo Thông tư này.
4. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế khoán:
4.1. Hộ nộp thuế khoán thực hiện khai thuế theo năm (một năm khai một lần). Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế chậm nhất là ngày 30 của tháng 12 của năm trước.
4.2. Trường hợp mới ra kinh doanh hoặc khai thác tài nguyên, khoáng sản thì thời hạn nộp hồ sơ khai thuế khoán chậm nhất là mười ngày kể từ ngày bắt đầu kinh doanh hoặc khai thác tài nguyên, khoáng sản.
5. Xác định số thuế khoán phải nộp của hộ kinh doanh:
Căn cứ tài liệu kê khai của người nộp thuế về doanh thu, thu nhập, sản lượng và giá bán tài nguyên khai thác, cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, chi cục thuế phối hợp với hội đồng tư vấn thuế xã, phường kiểm tra xác định tính đúng đắn, trung thực của hồ sơ khai thuế, tổ chức điều tra xác định lại doanh thu, thu nhập những trường hợp có nghi vấn khai không đúng để ấn định lại doanh thu kinh doanh, sản lượng và giá bán tài nguyên khai thác. Để đảm bảo việc xác định thuế được công bằng, trước khi thông báo số thuế phải nộp của từng hộ, cá nhân, chi cục thuế phải công khai dự kiến doanh thu, số thuế phải nộp của từng hộ, cá nhân nộp thuế theo phương pháp khoán để lấy ý kiến các hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc khai thác tài nguyên; sau đó tham khảo ý kiến hội đồng tư vấn thuế xã, phường để xác định và thông báo cho hộ, cá nhân nộp thuế biết và thực hiện.
Số thuế khoán được xác định cho từng tháng và ổn định khoán trong một năm, trừ trường hợp hộ nộp thuế khoán có thay đổi ngành nghề, quy mô kinh doanh hoặc quy mô khai thác tài nguyên, khoáng sản.
Trường hợp trong tháng, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nghỉ kinh doanh cả tháng thì được miễn số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp trong tháng, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nghỉ kinh doanh từ mười lăm ngày trở lên thì được xét giảm 50% số thuế phải nộp của tháng.
6. Thời hạn thông báo thuế và thời hạn nộp thuế:
Cơ quan thuế gửi Thông báo nộp thuế khoán theo mẫu số 03/THKH ban hành kèm theo Thông tư này tới hộ nộp thuế khoán chậm nhất là ngày 20 tháng 1. Thông báo một lần áp dụng cho các tháng nộp thuế ổn định trong năm.
Căn cứ vào Thông báo nộp thuế khoán, hộ nộp thuế nộp tiền thuế hàng tháng chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng. Trường hợp hộ nộp thuế khoán lựa chọn nộp thuế theo quý thì thời hạn nộp thuế cho cả quý là ngày cuối cùng của tháng đầu quý.
Đối với thuế tài nguyên, cơ quan thuế có thể thông báo nộp thuế theo mùa vụ; cơ quan thuế phải ghi rõ thời hạn nộp thuế trên thông báo thuế và gửi đến hộ nộp thuế khoán tối thiểu là mười ngày trước ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế.
7. Trường hợp hộ nộp thuế khoán có thay đổi ngành nghề, quy mô kinh doanh hoặc quy mô, sản lượng khai thác tài nguyên khoáng sản thì phải kê khai bổ sung với cơ quan thuế kể từ tháng phát sinh thay đổi quy mô, để cơ quan thuế xác định số thuế khoán cho phù hợp với thực tế phát sinh nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
Hồ sơ khai lại là Tờ khai theo mẫu số 01/THKH hoặc Tờ khai theo mẫu số 02/THKH ban hành kèm theo Thông tư này.
Cơ quan thuế xác định lại số thuế khoán phải nộp cho các tháng có thay đổi về ngành nghề, quy mô kinh doanh hoặc thay đổi về quy mô, sản lượng khai thác tài nguyên khoáng sản và thông báo số thuế khoán phải nộp cho người nộp thuế biết.
Trường hợp hộ kinh doanh không khai báo sự thay đổi về ngành nghề, quy mô kinh doanh với cơ quan thuế hoặc khai báo không trung thực, hoặc cơ quan thuế có tài liệu chứng minh có sự thay đổi về quy mô của hộ kinh doanh dẫn đến tăng doanh số thì cơ quan thuế có quyền ấn định mức thuế phải nộp cho phù hợp với tình hình kinh doanh.