Hệ thống sông rạch trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh giữ vai trò quan trọng trong việc cung cấp nước cung như tiêu thoát nước. Đặc biệt, vùng hạ lưu chịu ảnh hưởng của chế độ thuỷ triều mạnh mẽ. Vì vậy, chính những yếu tố trên đã tạo cho sông Sài Gòn hai khả năng vừa thuận lợi vừa khó khăn.
Ở khu vực thượng nguồn: ở khu vực này hầu như không bị nhiễm mặn. Do đó, vùng thượng lưu với các đập hồ quan trọng là nơi cung cấp nước sinh hoạt chủ yếu cho một bộ phận lớn dân cư đồng thời cũng là nguồn cung cấp nước tưới tiêu cho một diện tích lớn đất nông nghiệp. Đặc biệt, ở thượng lưu sông Sài Gòn có hồ Dầu Tiếng, tình hình điều tiết, xả lũ và sự an toàn của hồ có mối quan hệ mật thiết với vùng hạ lưu, nhất là Thành phố Hồ Chí Minh. Sự tồn tại và vận hành của các hồ chứa đã mang lại một nguồi lợi to lớn cho đất nước. Một trong những nguồi lợi đầu tiên phải kể đến là nguồi lợi về thuỷ điện.
Vùng nước ngọt ở khu vực Củ Chi, Bắc Hóc Môn, Bắc Bình Chánh… đóng vai trò quan trọng trong hoạt động sản xuất nông nghiệp nơi đây. Tuy nhiên, hiện nay ranh mặn đang bắt đầu di chuyển dần sang địa bàn huyện Củ Chi. Do vậy, nguy cơ làm suy giảm năng suất cây trồng ở nơi đây là rất lớn.
Ngoài ra, hệ thống sông rạch ở khu vực Thành phố Hồ Chí Minh hoàn toàn chịu ảnh hưởng của chế độ bán nhật triều biển Đông do đó rất thuận lợi để điều tiết nước tưới và xả lũ vào mùa mưa cũng như có khả năng tự làm sạch và cải tạo ô nhiễm nhanh chống. Mặt khác, vùng nước lợ ở cửa sông rất thích hợp để phát triển nuôi trồng thuỷ hải sản như tôm, cua,…Chính chế độ thuỷ triều đặc trưng của khu vực là nguồn cung cấp phù sa, sinh vật làm cải
tạo đất, giúp đất màu mỡ hơn. Tuy nhiên, chính nó lại rất dễ làm cho đất bị nhiễm mặn, gây xói lở (điển hình là khu vực bán đảo Thanh Đa, Thành phố Hồ Chí Minh cũng như ở các khu vực ven sông Sài Gòn ).
Ngoài ra, sông còn là nơi chứa đựng một trong những loại khoáng sản quan trọng là cát dùng cho xây dựng, cát dùng cho việc san lấp. Hoạt động khai thác cát trên sông một mặt mang lại lợi nhuận to lớn nhưng mặt khác cũng gây nên những hậu quả nghiêm trọng. Chính hoạt động này góp phần đẩy nhanh tốc độ sạt lở bờ sông, làm mất ổn định cấu trúc đất ở những khu vực này.