Nhiều doanh nghiệp nước ngoài lợi dụng hình thức nâng chi phí đầu vào, hạ thấp giá đầu ra để giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp. Các tập đoàn đa quốc gia thường áp dụng chiêu thức này tại các nước có mức thuế thu nhập doanh nghiệp cao như Việt Nam (25%), Trung Quốc (30%) nhằm nâng khống giá nguyên vật liệu, tăng khống chi phí quảng cáo tiếp thị... để giảm lợi nhuận đến mức thấp nhất, thậm chí hạch toán ra những con số lỗ “ảo” để trốn thuế. Khi tình trạng thua lỗ “ảo” của liên doanh kéo dài, các đối tác phía Việt Nam trong liên doanh sẽ không thể trụ nổi, đành ôm nợ, xin rút lui. Lúc đó, công ty liên doanh sẽ bị thôn tính thành doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài.
Tại Việt Nam, công ty con cứ báo lỗ, trong khi đó tại bản xứ, công ty mẹ cứ ung dung hưởng lợi. Tình trạng trên đang là thách thức đối với các cơ quan chức năng Việt Nam. Tại Mỹ và Nhật Bản, trong quá khứ hai quốc gia này đã từng xử phạt rất nặng một số tập đoàn đa quốc gia của nước khác gian lận qua việc chuyển giá nội bộ, định giá không theo nguyên tắc giá thị trường.
Trong số những mặt hàng có hiện tượng chuyển giá của các công ty đa quốc gia, ô tô là một ví dụ điển hình. Lâu nay, câu chuyện chuyển giá trong mặt hàng ô tô là một vấn đề nan giải đối với Bộ Tài chính khi có tới 90% giá thành đầu vào của mỗi chiếc xe lắp ráp trong nước Bộ Tài chính không thể kiểm soát được. Kết quả sơ bộ cuộc điều tra giá bán ôtô do Bộ Tài chính tiến hành năm 2004 và 2005 cho thấy ở một số công ty, mức chênh lệch giữa giá bán so với mặt bằng thị trường khá lớn. Một loại ô tô lắp ráp tại Việt Nam có thể sử dụng linh kiện sản xuất từ nhiều nước khác nhau. Khi cả dây chuyền sản xuất như vậy chỉ do một tập đoàn sở hữu thì sẽ dẫn đến vấn đề định giá nội bộ, tức là giá mà các công ty liên kết trong cùng tập đoàn bán hàng hoá hay dịch vụ cho nhau. Mục tiêu là nhằm nâng giá đầu vào ở những nước có thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp cao nhằm giảm lợi nhuận, từ đó giảm thiểu số thuế phải nộp. Bù vào đó, họ sẽ định chi phí đầu vào thấp ở những nước có thuế suất thấp hơn để tăng lợi nhuận. Một số kiến giải đối với vấn đề giá ô tô cao như đã nêu ở phần trên cho rằng giá ôtô trong nước cao mãi có thể có hiện tượng chuyển giá, nghĩa là giá ôtô có thể thấp hơn nếu không có chuyển giá. Cụ thể như một doanh nghiệp sản xuất xe hơi tại Thái Lan với giá vốn 9.000 USD, bán ra với giá bán là 10.000 USD, và thu lời 1000 USD tại Thái Lan. Tại thị trường Việt Nam, công ty Thái Lan cũng bán xe cho công ty liên kết với giá 10.000 USD, tuy nhiên công ty liên kết tại Việt Nam kê chi phí để quảng cáo và bán chiếc xe đó tại Việt Nam là 1.000 USD, từ đó giá vốn cũng là 10,000 USD, công ty liên kết không thu được lợi nhuận tại thị trường Việt Nam và không phải nộp thuế. Về tổng thể, công ty đã có lời 1.000 USD và phải đóng thuế tại Thái Lan thay vì Việt Nam. Nếu tại Thái Lan công ty đang được ưu đãi thuế, thì khoản lãi này sẽ được miễn thuế
giảm và Nhà nước Việt Nam sẽ thất thu thuế. Tuy nhiên lợi nhuận của cả tập đoàn sẽ không đổi (vì lợi nhuận tại Việt Nam đã được chuyển sang cho công ty con khác ở Thái Lan). Tuy nhiên, nếu cơ quan thuế Việt Nam nghi ngờ giá mua này là quá cao và định giá lại 9.000 USD, thì tập đoàn sẽ rơi vào tình trạng khó xử. Đó là họ đã đóng thuế cho khoản thu nhập 1.000 USD tại Thái Lan, nay lại phải đóng cho khoản thu nhập đó tại Việt Nam. Như vậy tập đoàn sản xuất xe hơi bị đánh thuế hai lần cho một thu nhập.
Vấn đề chuyển giá chỉ xảy ra ở giao dịch giữa các công ty liên kết. Nếu doanh nghiệp Việt Nam phải mua linh kiện ở một doanh nghiệp độc lập của Nhật Bản, họ sẽ phải trả giá và mua theo giá thị trường. Khi đó, lợi nhuận sẽ không thể tự tăng lên hay tự giảm xuống được.
Đã từ lâu, OECD ban hành nguyên tắc định giá sòng phẳng - giao dịch giữa các công ty liên kết phải được định giá theo giá giữa hai doanh nghiệp độc lập. Nguyên tắc này đã được ghi nhận tại Điều 9 - Mẫu hiệp định tránh đánh thuế hai lần, được áp dụng ở nhiều nước trên thế giới. Theo nguyên tắc của OECD, trong vụ việc giữa hai công ty Thái Lan và Việt Nam nói trên, tập đoàn sản xuất xe hơi có thể sẽ yêu cầu hai cơ quan thuế Việt Nam và Thái Lan thống nhất cách áp giá giao dịch để tránh bị đánh thuế hai lần. Khi đó, khả năng nhiều nhất là mỗi bên sẽ được chia một phần lợi nhuận, và sẽ không xảy ra việc một nước gánh toàn bộ chi phí, nước kia được hưởng toàn bộ lợi nhuận.
Việc yêu cầu hai cơ quan thuế ngồi lại với nhau hay trao đổi thông tin cho nhau là không dễ dàng. Khả năng tìm được thoả thuận chung là rất thấp, vì nước nào cũng sợ thất thu thuế, và ai cũng muốn thu nhập được chia cho nước mình nhiều nhất. Ngoài ra, cả hai nước có thể đang thu hút đầu tư, vì vậy nếu phải nhượng bộ thì họ sẽ mất lợi thế cạnh tranh. Đôi khi, một trong hai nước có thể là thiên đường thuế khoá như British Virgin Islands, Cayman Islands hay Netherlands Antilles. Tại đó, tất cả các loại thu nhập đều được miễn thuế, như vậy cơ quan thuế Việt Nam sẽ chẳng có ai để thương lượng. Các doanh nghiệp sẽ lợi dụng sơ hở này để tránh thuế ở các nước có thuế suất cao hơn.