Thiết lập và hoàn thiện giao thức an toàn là hệ thống bảo mật an toàn thực hiện các biện pháp cơ bản quy phạm, tiêu chuẩn hóa. Một mạng nội bộ và hệ thống bảo mật an toàn tương đối hoàn thiện phải thực hiện cơ chế bảo mật, cơ chế kiểm chứng và cơ chế bảo vệ.
Hiện nay, những gioa thức đã nghiên cứu và ứng dụng là:
+ Giao thức bảo mật: Giao thức bảo mật có hai yếu tố, một là có thể chuyển đổi số liệu công khai thành số liệu bảo mật, tự do phát trong mạng công cộng, hai là có thể sử dụng và điều khiển giao quyền, nhân viên không
có nhiên vụ không thể đọc được. Do vậy, số liệu phải phân lớp để thích ứng với phương pháp an toàn điều khiển nhiều lớp.
+ Giao thức kiểm tra tư cách: Kiểm tra tư cách là cửa khẩu thứ nhất để vào mạng và có liên quan đến thao tác sau đó. Do vậy, kiểm tra tư cách ít nhất phải bao gồm giao thức kiểm tra và giao thức ủy quyền. nhân viên thao tác phải được chia cấp bậc, ở các cấp khác nhau có các quyền khác nhau, để thích ứng với phương thức điều khiển nhiều lớp.
+ Giao thức quản lý khóa bảo mật: bao gồm các giao thức hình thành, phân phát, lưu trữ, bảo vệ công chứng…của khóa bảo mật, đảm bảo trong môi trường mở có thể cấu tạo nên các môi trường kín một cách linh hoạt.
+ Giao thức kiểm tra số liệu: Bao gồm số liệu trích yếu, số liẹu kiểm tra, chữ ký đồng thời phải có chức năng ký tên lớp cổng và ký tên cá nhân.
+ Giao thức thẩm định tính toán an toàn: Bao gồm những sự kiện có liên quan đến an toàn, bao gồm thăm dò thu thập, điều khiển sự kiện, có thể truy tìm trách nhiệm của sự kiện.
+ Giao thức bảo vệ: Ngoài các biện pháp bảo vệ mạng máy tính vật lý như thể phòng chống virut, thiết bị chống can nhiễu, chống thông điệp bức xạ… Còn phải thực hiện bảo vệ đối với số liệu và các loại tham số bí mật (mật khẩu, khóa bảo mật của thuê bao…) của việc bảo vệ của hệ thống thông tin, để tăng cường chức năng chống xâm nhập.