Mặc dù không còn là hệ thống doanh nghiệp duy nhất trong nền kinh tế thị trường như trước kia nhưng hiện nay nhìn chung các doanh nghiệp Nhà nước vẫn còn nắm giữ được phần lớn lao động kỹ thuật có trình độ bậc cao, nhiều năm trong nghề được đào tạo có hệ thống có khả năng đảm nhận những công việc đòi hỏi kỹ thuật cao, nếu biết khai thác và sử dụng có hiệu quả thì đó cũng là một lợi thế của các doanh nghiệp Nhà nước so với các loại hình doanh nghiệp khác. Nhưng với việc buộc các doanh nghiệp phải tự hoạch toán kinh doanh, lời ăn lỗ chịu. Quỹ tiền lương không được cấp phát từ nhân sách bằng số lao động nhân với hệ số cấp bậc công nhân và hệ số phụ cấp bình quân như trước kia mà quỹ tiền lương sẽ phụ thuộc vào kết quả sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Nên đã khiến cho một bộ phận lớn người lao động phải nghỉ chờ việc hoăc chuyển sang các thành phần kinh tế khác do doanh nghiệp làm ăn thua lỗ.
Trong bộ máy quản lý của doanh nghiệp chỉ có 3 người là viên chức nhà nước, đó là giám đốc, phó giám đốc, kế toán trưởng, là cầu nối giữa Nhà nước và doanh nghiệp, được Nhà nước bổ nhiệm đứng ra giúp Nhà nước quản lý doanh nghiệp và thực hiện các chức năng, nhiệm vụ được Nhà nước giao, còn các bộ phận khác quan hệ với doanh nghiệp thông qua hợp đồng lao động. Nhưng với bộ máy gián tiếp thì thường ký kết các hợp đồng dài hạn. Còn người lao động trực tiếp thì tuỳ vào tình hình sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp mà tăng thêm hay giảm bớt cho phù hợp với khối lượng công việc.