Trong sản xuất Kefir, người ta sử dụng tổ hợp giống vi sinh vật dưới dạng hạt Kefir ( Kefir Grains). Các hạt Kefir cĩ màu từ trắng đến vàng nhạt, hình dạng khơng ổn định và thường kết thành chùm với nhau tạo dạng tương tự hoa Chou- fleur với đường kính trung bình 0,3÷2 cm. Hạt Kefir là phức hệ vi sinh vật gắn với nhau bởi chất polisacharide. Giống này bao gồm vi khuẩn lactic (Lactobacilli, Lactococci, Leuconostoc..) và nấm men. Đơi khi ta cịn tìm thấy vi khuẩn A.aceti
và A.racens cùng với các vi sinh vật khác tổ chức thành khối cầu vi sinh vật . Tuy vẫn chưa được làm sáng tỏ hồn tồn nhưng từ hàng nghìn năm qua sự tiêu thụđã
chứng minh được rằng hệ vi sinh vật trong Kefir là khơng gây bệnh mà cịn cĩ khả năng ngăn chặn sự phát triển của vi sinh vật gây bệnh như Salmonella hay
Singella.
Hình 3: Hình dạng, kích thước hạt Kefir nguyên vẹn và sau khi đã cắt đơi.
(http://user.chairot.net.au/~dna/thumb3-WKG.jpi)
Polisacharide chủ yếu là nước, vật chất hồ tan được biết là Kefiranofaciens và L. kefir sản sinh ra polisacharide này. Chúng là một phần của hạt, nếu khơng cĩ sự hiện diện của chúng thì hạt Kefir khơng thể hình thành. Ngồi tế bào vi sinh vật, hạt Kefir cịn chứa protein (chiếm khoảng 30% tổng chất khơ) và Carbohydrate (25÷50%). Như vậy từ một số thơng tin đã đưa ra thành phần hợp thành của hạt giống Kefir là phức protein Polisacharide béo. Thành phần hạt giống sấy khơ đơng lạnh với hàm ẩm 3,5% được tìm thấy bao gồm: béo 4,4%, tro: 12,1%, Muco-polisacharide (Kefiran): 45,7%, protein tổng số 34,3% gồm cĩ: protein khơng hồ tan 27%, protein hồ tan 1,6% và acid amin tự do là 5,6%.
Nhĩm vi khuẩn lactic lactobacilli chiếm khoảng 65-80% tổng số vi sinh vật trong hạt Kefir. Chúng gồm những lồi ưa ẩm và ưa nhiệt thực hiện quá trình lên men lactic theo cơ chế lên men đống hình lẫn dị hình. Nhĩm vi khuẩn lactic
Lactococci chiếm 20% tổng số tế bào, Bacilli 69%, Streptococci 11-12%
Riêng nấm men chiếm 5÷10% tổng số vi sinh vật trong hạt gồm những lồi lên men được lẫn khơng lên men được đường lactose. Các lồi nấm men lên men được đường lactose thường được tìm thấy tại các vị trí gần bề mặt hạt Kefir.
Ngược lại, các lồi nấm men khơng lên men được đường lactose lại tìm thấy tại các vị trí sâu bên trong tâm hạt
Hình 4: Ảnh chụp hạt giống Kefir dưới kính hiển vi điện tử gồm vi khuẩn, nấm men, và các chất gian bào
(Kefir.vilabo.oul.com)