DALI so sánh cấu trúc bằng phương pháp sắp hàng và sử dụng ma trận khoảng cách. Phương pháp thực hiện các bước : so sánh tất cả các phần tử, các phần tử cùng mẫu được lưu trữ trong danh sách tiến hành so sánh sau này. Việc tìm ra các phần tử cùng mẫu bằng cách sử dụng tọa độ không gian của các phần tử
trong mỗi protein để tính ma trận khoảng cách α-carbon và α-carbon. Các ma trận khoảng cách sau đó được phân tích thành các mẫu liên kết, ví dụ ma trân con hexapeptide – hexapeptide. Khi đó, các mẫu liên kết tương tự của hai ma trận được kết hợp thành một cặp lớn hơn. Tiếp theo là sử dụng thuật toán Monte Carlo để tối ưu khoảng cách RMSD
Cho hai protein A và B, khi đó tính S với
(19)
Trong đó, i, j là phần tử kết hợp, L là số phần tử của protein A, B; φ(i, j) là giá trị thể hiện sựtương tự dựa trên khoảng của hai phần tử
Tiếp theo phương pháp thực hiện việc tìm kiếm đoạn con giống nhau dài nhất của hai protein trên.
Đầu tiên, phương pháp tính điểm sốtương tự cốđịnh bằng công thức
(20)
trong đó, là ngưỡng tương đồng.
và điểm sốtương tự thay đổi bằng công thức
(21)
Với là khoảng cách trung bình và w là trọng lực của nguyên tử được tính bằng công thức
(22)
Sau khi tìm được S, chương trình tiến hành so sánh khoảng cách ma trận giữa hai protein. Các trình tự có sự tương đồng sau đó sẽ được kết hợp lại. cuối cùng ta có được cấu trúc tương đồng ban đầu
Hình 12 thể hiện quá trình kiểm tra sựtương đồng của từng cặp phân đoạn, sau đó tiến hành kết hợp đoạn con (phân đoạn) của từng cấu trúc để đưa ra được cấu trúc trùng lắp lớn nhất của cả hai protein..
Hình 12: Kiểm tra cặp tương đồng trong DALI
Để tối ưu cấu trúc tìm được, DALI tối ưu phương pháp Monte Carlo bằng cách cải tiến phần đệ quy bằng các thông số ngẫu nhiên trong việc tìm kiếm. Độ sai số của việc sử dụng phương pháp ngẫu nhiên được chấp nhận là:
(23)