Bên cạnh những mặt đã làm đợc ở trên của công ty thì vẫn còn tồn tại những hạn chế sau:
- Thứ nhất: Cơ cấu bộ máy quản lý của toàn công ty nói chung cũng nh phòng kế toán nói riêng còn cha thực sự hợp lý. Do vậy mà không phát huy hết những tiềm lực vốn có của công ty.
- Thứ hai: Bớc sang thế kỷ 21 thế kỷ của công nghệ thông tin đòi hỏi các doanh nghiệp phải bắt kịp những thông tin thị trờng. Vì vậy đòi hỏi các công ty phải hiện đại hóa mạng lới thông tin. Trên thực tế công ty Thơng mại và Du lịch Hồng Trà cha đáp ứng yêu cầu này. Hệ thống máy tính của công ty còn quá nghèo nàn, công ty cha áp dụng phần mềm kế toán vào công ty hoạch toán vì lý do biên chế của phòng kế toán là sự chắp ghép của nhiều phòng ban khác nhau độ tuổi của cán bộ kế toán đã cao, trình độ chuyên môn hạn chế, rất ái ngại trong việc áp dụng tiến bộ khoa học.
- Thứ ba: Việc lập chứng từ ghi sổ cha thực sự cung cấp thông tin kịp thời cho công tác quản trị kế toán cũng nh công tác quản lý toàn công ty. Thứ t: Việc tính toán lơng và trả lơng của cán bộ công nhân viên vẫn cha khuyến khích tinh thần làm việc của cán bộ công nhân trong công ty. Đôi khi công nhân sản xuất trực tiếp có lỗi nhỏ thì công ty áp dụng hình thức “phạt” đã làm cho tình cảm của cán bộ công nhân với công ty cha thực sự trung thành.