Bên cạnh những ưu điểm, thì mô hình điểm số tín dụng có những hạn chế sau: - Mô hình này chỉ cho phép phân biệt khách hàng thành hai nhóm là “vỡ nợ” và
“không vỡ nợ”. Trong thực tế, vỡ nợ được phân thành nhiều loại, từ không trả hay chậm trễ trong việc trả lãi tiền vay, đến việc không hoàn trả nợ gốc và lãi tiền vay. Điều này hàm ý, cần có một mô hình cho điểm chính xác hơn, toàn diện hơn theo nhiều thang điểm để phân loại khách hàng thành nhiều nhóm tương ứng với các mức độ vỡ nợ khác nhau.
- Không có lý do rõ rang để giải thích sự bất biến về tầm quan trọng của các biết số theo thời gian, dù là trong ngắn hạn. Tương tự như vậy, các biến số cũng không phải là bất biến, đặc biệt là khi điểu kiện thị trường và kinh doanh
thường xuyên thay đổi. Ngoài ra mô hình cũng giả thiết rằng các biến số là hoàn toàn độc lập, không phụ thuộc lẫn nhau.
- Đã không tính tới một số nhân tố quan trọng nhưng khó lượng hóa, nhưng lại ảnh hưởng đáng kể đến mức độ rủi ro tín dụng của khách hàng. Ví dụ, yếu tố “danh tiếng” của khách hàng, yếu tố “mối quan hệ truyền thống” giữa khách hàng và ngân hàng hay yếu tố vĩ mô như chu kỳ kinh tế, chu kỳ kinh doanh. Nhìn chung, các nhân tố này thường không được đề cập trong mô hình ghi điểm tín dụng “Z”. Mặt khác, mô hình cho điểm thường không sử dụng các thông tin đại chúng có sẵn, như giá cả thị trường của các tài sản tài chính.